業績
| 2025年 | ||
| 論文 |
| T. Ishikawa*, K. Matsumoto, T. Hamada, H. Koze, M. Baba, M. Okamoto, M. Sudoh*, In Silico Discovery of SARS-CoV-2 Main Protease Inhibitors Using Docking, Molecular Dynamics, and Fragment Molecular Orbital Calculations, J. Phys. Chem. B, 129 (2025) 1740 (DOI: 10.1021/acs.jpcb.4c07920) | ||
| H. Koze, M. Sudoh, S. Onitsuka, H. Okamura, T. Ishikawa, F. Tani, Y. Miyata-Yabuki, M. Shirouzu, M. Baba, M. Okamoto, T. Hamada*, Sulfoquinovosyl diacylglycerol, a Component of Holy Basil Ocimum tenuiflorum, inhibits the Activity of the SARS-CoV-2 Main Protease and Viral Replication in vitro, Journal of Natural Medicines 79 (2025) 122 (DOI: 10.1007/s11418-024-01855-6) |
| 発表・講演 |
| 日本薬学会第145年会(2025年3月26-29日、福岡) フォトレドックス触媒反応を用いたトリフルオロアセトン誘導体の合成, 〇水田賢志, 山口知子, 石川岳志, 岩崎正治 (ポスター発表, 国内学会, 日本語) | ||
| 日本薬学会第145年会(2025年3月26-29日、福岡) 第一原理計算に基づくタンパク－タンパクドッキング法の開発とVHH抗体のエピトープ予測への応用, 〇川上誠太, 高坂澄怜, 太田陽章, 石川岳志 (ポスター発表, 国内学会, 日本語) 学生優秀発表賞(ポスター発表) | ||
| 日本薬学会第145年会(2025年3月26-29日、福岡) 分子動力学計算に基づいた抗プリオン化合物設計のための新たな計算モデルの開発, 〇百田桜, 石川雄理, 有村大輔, 石橋大輔, 水田賢志, 鎌足雄司, 石川岳志 (ポスター発表, 国内学会, 日本語) 学生優秀発表賞(ポスター発表) | ||
| 日本薬学会第145年会(2025年3月26-29日、福岡) タンパク間相互作用解析法「VIINEC」の開発と抗体医薬品への応用, 〇石川岳志 (口頭発表, 国内学会, 日本語) | ||
| The 94th Annual Meeting of the Japanese Society of Parasitology (2025年3月18-19日, 大阪) Exploration of a Docking Method against AlphaFold-predicted Proteins for Accelerated Antimalarial Drug Discovery, 〇Ng’etich Japheth Kibet Normalita Eka Pravitasari, Takeshi Ishikawa, Ayato Sato, Shinjiro Hamano, Noriyuki Nishida, Takaya Sakura, Daniel Ken Inaoka (ポスター発表, 国内会議, 英語) | ||
| 日米医学協力計画60周年記念第25回汎太平洋新興再興感染症（EID）会議(2025年3月11-15、東京) The role of the DEDDh motif in the nucleoprotein on the Arenavirus replication, Anzu Miyazaki, Tomoko Tsuruta, Takeshi Ishikawa, Yuki Takamatsu, 〇Shuzo Urata (口頭発表, 国際会議, 英語) | ||
| FMOセミナー ～これまでとこれから～(2025年2月28、神戸) FMO法を利用したタンパク間相互作用解析法VIINECの開発と応用, 〇石川岳志 (口頭発表, 国内学会, 日本語) | ||
| 令和6年度鹿児島大学医・理工連携研究教育事業研究報告会（2025年1月27日, ヒトレトロウイルス学共同研究センター） ドッキング･分子動力学･フラグメント分子軌道計算を用いたSARS-CoV-2メインプロテアーゼ阻害剤のインシリコ創薬, ○石川岳志 (口頭発表, 学内限定, 日本語) |
| 論文 |
| S. Mizuta,* T. Yamaguchi, M. Iwasaki, T. Ishikawa*, A facile access to aliphatic trifluoromethyl ketones via photocatalyzed cross-coupling of bromotrifluoroacetone and alkenes, Org. Biomol. Chem. 22 (2024) 8847 (DOI: 10.1039/D4OB01247J) | ||
| S. Mizuta*, T. Yamaguchi, T. Ishikawa, Nucleophilic fluorine substitution reaction of α-carbonyl benzyl bromide, phenylthiofluoroalkyl bromide, and 2-bromo-2-phenoxyacetnitirle, RSC Advances. 14 (2024) 19062 (DOI: 10.1039/d4ra03085k) | ||
| S. Kousaka, T. Ishikawa*, Quantum Chemistry-Based Protein-Protein Docking without Empirical Parameters, J. Chem. Theory Comput. 20 (2024) 5164 (DOI: 10.1021/acs.jctc.4c00531) | ||
| W. Imamura, T. Yamasaki, H. Kato, T. Ishikawa*, Computational study on the inhibition mechanism of cyclodextran against GTF-SI from Streptococcus mutans focusing on the glucan-binding domain, Carbohydrate Polymer Technologies and Applications, 7 (2024) 100473 (DOI: 10.1016/j.carpta.2024.100473) | ||
| S. Mizuta*, M. Tabira, N. Shichiro, T. Yamaguchi, J. Ishihara, T. Ishikawa*, Reaction Mechanism and Origin of Stereoselectivity in the Fluorination and Trifluoromethylthiolation of 2-Bromoamides with AgF and AgSCF3, Eur. J. Org. Chem., 27 (2024) e202301100 (DOI: 10.1002/ejoc.202301100) |
| 発表・講演 | ||
| LINK-J「鹿児島大学発社会実装を目指した最新技術」(2024年12月12, 東京) 第一原理計算に基づく抗原抗体相互作用の予測技術, 〇石川岳志 (口頭発表, 国内学会, 日本語) | ||
| Japan-Taiwan Bilateral Workshop (2024年12月10-13日, 鹿児島) Theoretical Study on the Mechanism of Drug Resistance in Hepatitis C Virus Using Molecular Dynamics Simulations, 〇Wang Yaxuan, Takeshi Ishikawa (ポスター発表, 国際学会, 英語) | ||
| Japan-Taiwan Bilateral Workshop (2024年12月10-13日, 鹿児島) Development of a Quantum Chemistry-Based Protein-Protein Interaction Analysis Method, “VIINEC,” and Its Application to Antibody Epitope Prediction, 〇Takeshi Ishikawa (口頭発表, 国際学会, 英語) | ||
| ASTMH (American Society of Tropical Medicine and Hygiene) Annual Meeting (2024年11月13-17日, ニューオリンズ), High-throughput screening identifies compounds with nanomolar antiplasmodial activity against the asexual-stage parasites, 〇Ng'etich Japheth Kibet, Normalita Eka Pravitasari, Takeshi Ishikawa, Ayato Sato, Shinjiro Hamano, Noriyuki Nishida, Takaya Sakura, Daniel Ken Inaoka (ポスター発表, 国際学会, 英語) | ||
| 第18回日本臨床ストレス応答学会大会(2024年11月1-2日, 宮崎), 異常型プリオン蛋白質の構造解析に基づくプリオン病の治療薬開発, 〇金丸和樹、石川岳志、新竜一郎 (ポスター発表, 国内学会, 日本語) | ||
| CBI学会2024年大会(2024年10月28-31日、東京), Quantum Chemistry-Based Protein-Protein Docking, ○T. Ishikawa (口頭発表, 国内会議, 日本語) | ||
| CBI学会2024年大会(2024年10月28-31日、東京), Hepatitis C Virus Drug Resistance Mechanism: Docking and Molecular Dynamics Study of NS5A-Drug Complex, 〇Wang Yaxuan, Ai Toyodome, Seiichi Mawatari, Midori Takeda, Masanori Ikeda, Takeshi Ishikawa (口頭発表, 国内会議, 日本語) | ||
| CBI学会2024年大会(2024年10月28-31日、東京), Molecular simulation analysis for nucleic acids, 〇Yamagishi Kenji, Tsukadah Hiroyuki, Narita Haruto, Myochin Shota, Yoshida Hisae, Ishii Seiichiro, Sekiguchi Masahiro, Ishikawa Takeshi, Sakamoto Taiichi (口頭発表, 国内会議, 日本語) | ||
| 2024 NDSU-KU Annual Symposium(October 14-15, 2024, Fargo, USA) Development of Quantum Chemistry-Based Protein-Protein Docking Method, ○T. Ishikawa (依頼講演, 口頭発表, 国際学会, 英語) | ||
| 日本生薬学会第70回年会(2024年9月15-16日、大阪) ホーリーバジル(Ocimum tenuiflorum L.)に含まれる生物活性物質の探索, 〇小瀬日奈子, 須藤正幸, 岡村浩昭, 鬼束聡明, 石川岳志, 谷文都, 矢吹由香子, 白水美香子, 馬場昌範, 岡本実佳, 濱田 季之 (口頭発表, 国内学会, 日本語) | ||
| BioJapan（2024年10月09-11日、横浜） 第一原理計算に基づく抗体のエピトープ予測技術, ○石川岳志, (ポスター発表,国内学会, 日本語) | ||
| 第43回日本糖質学会年会(2024年9月12-14日、横浜), ガレクチン4阻害剤を指向したラクトース誘導体の分子機構と親和性評価, 〇筒井正斗、上田日向、山田一作、石川岳志、井手尾浩子、高田美生、水野真盛 (ポスター発表, 国内学会, 日本語) | ||
| XXV International Round Table on Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids (2024年9月3-6日、東京), Improvement of binding activity of an aptamer that binds to IgG1 by chemical modification and in silico analysis of dynamics of the aptamer, 〇Akari Endo, Masahiro Sekiguchi,Takeshi Ishikawa, Kenji Yamagishi, Taiichi Sakamoto (ポスター発表, 国際学会, 英語) | ||
| 日本薬学会第144年会(2024年3月28-31日、横浜) ハロゲン交換から考察されるEt3N・3HFのカルボカチオンへの反応性, ○水田賢志、石川岳志 (ポスター発表, 国内学会, 日本語) | ||
| The Joint 24th International Conference on Emerging Infectious Diseases in the Pacific Rim of the U.S.-Japan Cooperative Medical Sciences Program (USJCMSP) in collaboration with the 2nd International Symposium for Infectious Diseases Research Institutes Cooperation (IDRIC) (March 5-8, 2024, South Korea), The role of the NP as a Type I interferon antagonist in the Arenavirus replication, A. Miyazaki, T. Ishikawa, Y. Takamatsu, and 〇S. Urata (口頭発表, 国際学会, 英語) | ||
| 令和５年度鹿児島大学医・理工連携研究教育事業研究報告会（2024年1月22日, ヒトレトロウイルス学共同研究センター） SARS-CoV-2 RBDとhuman ACE2の相互作用解析, ○石川岳志 (口頭発表, 学内限定, 日本語) | ||
| 新化学技術推進協会 先端化学・材料技術部会 コンピュータケミストリ分科会 講演会(2024年1月12日、東京) 量子化学計算に基づくタンパク間相互作用解析法「VIINEC」の開発と応用, ○石川岳志 (口頭発表, 依頼講演, 日本語) |
| その他 |
| 令和6年度 CST先端科学入門講座・講師（2024年8月23日、鹿児島大学） 生命計算化学の最前線, 石川岳志 | ||
| 支部だより ～九州支部より～ 鹿児島大学大学院理工学研究科工学専攻化学生命工学プログラム生命計算化学研究室の紹介, 石川岳志, 生物物理 (2024) 64 112 (DOI: 10.2142/biophys.64.112) | ||
| PCT/JP2024/005667（2024年2月19日）,「分子間相互作用解析装置、分子間相互作用解析方法及びプログラム」, 石川岳志 |
| 論文 |
| T. Toyomoto, K. Ono, T. Shiba, K. Momitani, T. Zhang, H. Tsutsuki, T. Ishikawa, K. Hoso, K. Hamada, A. Rahman, L. Wen, K. Yamamoto, M. Matsuoka, K. Hanaoka, T. Niidome, T. Akaike, T. Sawa*, Alkyl Gallates Inhibit Serine O-Acetyltransferase in Bacteria and Enhance Susceptibility of Drug-Resistant Gram-Negative Bacteria to Antibiotics, Frontiers in Microbiology, 14 (2023) 1276447 (DOI: 10.3389/fmicb.2023.1276447) | ||
| W. Imamura, T. Yamasaki, H. Kato, T. Ishikawa*, Insights into the molecular interaction of cyclodextran with a guest molecule: A computational study, Carbohydrate Polymers, 301A (2023) 120315 (DOI: 10.1016/j.carbpol.2022.120315) |
| 発表・講演 | ||
| International Symposium on Chemical Engineering 2023(ISChE2023)(2023年12月1-2日、韓国慶州), Effect of hydrophobic groups incorporated into gelatin hydrogel as drug carriers on release behavior of hydrophobic medicines 〇Takanori Matsumoto, Takeshi Ishikawa, Hayato Takase, Masahiro Yoshida, Takayuki Takei （口頭発表, 国際学会, 英語） | ||
| NDSU-KU 8th Annual Symposium (November 6-7, 2023, Kagoshima, Japan) Development of a protein-ligand docking method based on molecular dynamics simulation and its application to anti-prion compounds, ○T. Ishikawa, (口頭発表, 国際学会, 英語) | ||
| CBI学会2023年大会（2023年10月23日～10月26日、東京） Conformational behavior, dynamics, and affinity of A18-modified aptamers toward human Immunoglobulin G, 〇Ozora Kudo, Akari Endo, Masahiro Sekiguchi, Azumi ito, Takeshi Ishikawa, Taiichi Sakamoto, Kenji Yamagishi （ポスター発表, 国内学会, 英語） | ||
| HIGO最先端研究セミナー（リエゾンラボ研究会）（2023年10月11日、熊本） Drug Discovery Using Computational Chemistry: Method Development and Applications, 〇Takeshi Ishikawa （依頼講演, セミナー, 英語） | ||
| 第70回日本ウイルス学会学術集会（2023年9月26-28日、仙台）, フニンウイルスNPエキソヌクレアーゼ活性部位のウイルス増殖における役割解明, 〇宮崎あんず、石川岳志、高松由基、浦田秀造 （ポスター発表, 国内学会, 日本語） | ||
| 2023年度日本生化学会関東支部例会(2023年6月10日、山梨) 抗体に結合するaptamerの改変体の結合能の解析, ○遠藤朱梨，伊藤愛純，関口真裕，阪本智樹，片平正人，永田崇，石川岳志，山岸賢司，坂本泰一 （ポスター発表, 国内学会, 日本語） | ||
| 日本薬学会第143年会(2023年3月25-28日、札幌) 求核的トリフルオロメチルチオ化試薬を用いたα-SCF3化アミド類の合成法の開発, ○水田賢志、田平将大、森井優樹、石原淳、石川岳志 （ポスター発表, 国内学会, 日本語） | ||
| 日本化学会第103春季年会(2023年3月22-25日、東京), アジリジノン中間体を経由するフッ化銀を用いたフッ化アミド類の合成法の開発, ○水田賢志、田平将大、石川岳志 （ポスター発表, 国内学会, 日本語） | ||
| PARKS起業活動支援プログラム・Demo Day (2023年3月21日, 天神スカイホール・福岡), バイオ医薬品開発の効率化を実現する生体分子量子化学計算プログラム｢PAICS｣, ○石川岳志, 志々目裕太 (口頭発表, 日本語) | ||
| 第16回桜ケ丘基礎系発表会 (2023年3月2日, 鹿児島大学・鶴陵会館), SARS-CoV-2治療薬をめざした インシリコ創薬 ○須藤正幸, 近藤智子, 石川岳志 (ポスター発表, 学内限定, 日本語) | ||
| 令和４年度鹿児島大学医・理工連携研究教育事業研究報告会 (2023年2月7日, オンライン開催) デジタル創薬基盤の構築とSARS-CoV-2メインプロテアーゼ阻害薬の開発への応用, ○石川岳志, 松本健司, 須藤正幸 (口頭発表, 学内限定, 日本語) | ||
| KADAI STARTER‘S PITCH（KSP） (2023年1月20日, 鹿児島大学) 抗体医薬品開発を効率化する生体分子量子化学計算プログラム「PAICS」, ○石川岳志 (口頭発表, 学内限定, 日本語) |
| その他 |
| タンパク質の構造解析手法とIn silicoスクリーニングへの応用事例, 生体分子シミュレーションによる核酸医薬品開発への展開(第6章第8節), 山岸賢司, 石川岳志, 技術情報協会 | ||
| PCT/JP2023/030775（2023年8月25日）,「分子間相互作用解析装置、分子間相互作用解析方法」, 石川岳志 | ||
| 特願2023-25282（2023年2月21日）,「分子間相互作用解析装置、分子間相互作用解析法及びプログラム」, 石川岳志 |
| 論文 |
| H. Ozono, K. Mimoto, T. Ishikawa*, Quantification and Neutralization of Interfacial Electrostatic Potential and Visualization of Dispersion Interaction in VIINEC, J. Phys. Chem. B, 126 (2022) 8415, (DOI: 10.1021/acs.jpcb.2c05033) | ||
| Y. Kudo, M. Fujita, A. Ota, Y. Kamatari, Y. Tanaka, T. Ishikawa, T. Okada, N. Toyooka, N. Fujimoto, T. Matsunaga, A. Ikari, S. Endo*, Discovery and structure-based optimization of novel Atg4B inhibitors for the treatment of castration-resistant prostate cancer, J. Med. Chem., 65 (2022) 4878, (DOI: 10.1021/acs.jmedchem.1c02113) | ||
| S. Urata*, O. I. Omotuyi, A. Izumisawa, T. Ishikawa, S. Mizuta, Y. Sakurai, T. Mizutani, H. Ueda, Y. Tanaka, J. Yasuda*, Identification of novel chemical compounds targeting filovirus VP40-mediated particle production Antiviral Res., 199 (2022) 105267, (DOI: 10.1016/j.antiviral.2022.105267) | ||
| S. Mizuta*, H. Otaki, T. Ishikawa, J. N. Makau, T. Yamaguchi, T. Fujimoto, N. Takakura, N. Sakauchi, S. Kitamura, H. Nono, R. Nishi, Y. Tanaka, K. Takeda, N. Nishida, K. Watanabe*, Lead Optimization of Influenza Virus RNA Polymerase Inhibitors Targeting PA-PB1 Interaction, J. Med. Chem., 65 (2022) 369, (DOI: 10.1021/acs.jmedchem.1c01527) |
| 発表・講演 | ||
| 第95回日本生化学会大会（2022年11月9-11日、名古屋） オートファゴソーム膜の形成を作用点とする新規オートファジー阻害剤の開発, ○工藤優大、藤田芽衣、吉野雄太、鎌足雄司、田中義正、石川岳志、藤本直浩、岡田卓哉、豊岡尚樹、遠藤智史、五十里彰, （ポスター発表, 国内学会, 日本語） | ||
| CBI学会2022年大会（2022年10月25-27日, 東京） Conformational behavior and dynamics of G7A mutant IgG-aptamer, ○Seiichiro ISHII, Ryoji YAMAZAKI, Ozora KUDO, Takeshi ISHIKAWA, Taiichi SAKAMOTO, Kenji YAMAGISHI (ポスター発表,国内学会, 英語) | ||
| BioJapan（2022年10月12-14日、横浜） 抗体医薬品開発を加速するタンパク間相互作用(PPI)解析のためのインシリコ技術｢VIINEC｣, ○石川岳志, (ポスター発表,国内学会, 日本語) | ||
| NDSU-KU 7th Annual Symposium (October 6-7, 2022, Fargo, USA) Development and Application of a Computational Method for Analyzing Protein-Protein Interaction, ○T. Ishikawa, (招待講演, 口頭発表, 国際学会, 英語) | ||
| NDSU-KU 7th Annual Symposium (October 6-7, 2022, Fargo, USA) The molecular interaction of cyclodextran with a guest molecule using quantum chemical calculation and molecular dynamics simulation, ○W. Imamura, T. Ishikawa, (ポスター発表, 国際学会, 英語) | ||
| 第60回日本生物物理学会（2022年9月28-30日、函館） In silico approach for identification of the thermodynamic profiles of aptamer-IgG binding, ○R. Yamazaki，A. Ito，T. Sakamoto，M. Komine，T. Ishikawa，M. Katahira，T. Nagata，T. Sakamoto，K. Yamagihi, (ポスター発表, 国内学会, 日本語) | ||
| 第60回日本生物物理学会（2022年9月28-30日、函館） Effect of chemical modification on the aptamer that binds to IgG, ○A. Ito, Y. Yatabe, H. Yoshida, M. Sekiguchi, K. Akita, Y. Nakamura, Y. Nomura, T. Ishikawa, K. Yamagishi, T. Sakamoto, (ポスター発表, 国内学会, 日本語) | ||
| The 20th Protein Island Matsuyama International Symposium (2022年9月16日, 松山) Development and Application of a Quantum Chemistry-Based Method for Analyzing Protein-Protein Interaction, ○T. Ishikawa, (招待講演, 口頭発表, 国際会議, 英語) | ||
| 第21回・次世代を担う若手のためのファーマ・バイオフォーラム2022（2022年9月3-4日, 名古屋） がんアジュバント薬の開発を指向したオートファジー阻害剤の創製研究, ○工藤優大, 藤田芽衣, 吉野雄太, 鎌足雄司, 田中義正, 石川岳志, 藤本直浩, 岡田卓哉, 豊岡尚樹, 遠藤智史, 五十里彰 (口頭発表, 国内学会, 日本語) | ||
| 第28回分子寄生虫学ワークショップ（2022年8月3-5日、長崎） Application of AlphaFold2 to Predict Antimalarial Drug Targets and Phenotypic Validation, ○Kibet Ng'etich Japheth, Normalita Eka Pravitasari, Takeshi Ishikawa, Ayato Sato, Noriyuki Nishida, Takaya Sakura, Daniel Ken Inaoka (口頭発表, 国内学会, 英語) | ||
| 令和３年度鹿児島大学異分野融合研究プロジェクト創出研究助成事業研究報告会 (2022年3月28日, ハイブリッド開催) デジタル創薬によるプロテインノックダウン法を用いた新型コロナウイルス感染症の治療薬探索, ○石川岳志, 須藤正幸 (口頭発表, 学内限定, 日本語) | ||
| 令和３年度鹿児島大学医・理工連携研究教育事業研究報告会 (2022年2月8日, オンライン開催) SARS-CoV-2メインプロテアーゼを標的としたインシリコ創薬, ○石川岳志, 須藤正幸 (口頭発表, 学内限定, 日本語) |
| その他 |
| 特願2022-139395（2022年9月15日）,「分子間相互作用解析装置、分子間相互作用解析法及びプログラム」, 石川岳志, 大園紘貴 |
| 論文 |
| S. Mizuta*, K. Kitamura, Y. Morii, J. Ishihara, T. Yanaguchi, T. Ishikawa, Trifluoromethylthiolation of hindered α-bromoamides with nucleophilic trifluoromethylthiolating reagents, J. Org. Chem., 86 (2021) 18017, (DOI: 10.1021/acs.joc.1c02316) | ||
| T. Ishikawa*, H. Ozono, K. Akisawa, R. Hatada, K. Okuwaki, Y. Mochizuki, Application of Visualization of the Interfacial Electrostatic Complementarity to Molecular Interaction Analysis on SARS-CoV-2 Spike Protein Receptor Binding Domain, J. Phys. Chem. Lett., 12 (2021) 11267, (DOI: 10.1021/acs.jpclett.1c02788) | ||
| H. Ozono，T. Ishikawa*, Visualization of the interfacial electrostatic complementarity: A method for analysis of protein-protein interaction based on ab initio quantum chemical calculations, J. Chem. Theory Comput., 17 (2021) 5600, (DOI: 10.1021/acs.jctc.1c00475) | ||
| 染川賢一*，上田岳彦，吉留俊史，石川岳志，錦織寿, 珍しい塩基触媒による不斉Diels-Alder合成反応のMOシミュレーション解析, J. Comput. Chem.Jap., 19 (2021) 175, (DOI: 10.2477/jccj.2021-0011) | ||
| M. M. N. Tun, K. Morita, T. Ishikawa*, S. Urata*, The antiviral effect of the chemical compounds targeting DED/EDh motifs of the viral proteins on Lymphocytic Choriomeningitis virus and SARS-CoV-2, Viruses, 13 (2021) 1220, (DOI: 10.3390/v13071220) | ||
| S. Mizuta*, K. Kitamura, A. Kitagawa, T. Yamaguchi, T. Ishikawa, A simple method for fluorination of α-bromoamides using silver fluoride, Chem. Eur. J., 27 (2021) 5930, (DOI: 10.1002/chem.202004769) |
| 書籍 |
| Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method; Y. Mochizuki, S. Tanaka, K. Fukuzawa Eds, Springer Nature Singapore Pte Ltd., 2021, Y. Komeji, T. Ishikawa, FMO interfaced with Molecular Dynamics simulation (Chapter 19 : 373-389) (DOI: 10.1007/978-981-15-9235-5_19) | ||
| Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method; Y. Mochizuki, S. Tanaka, K. Fukuzawa Eds, Springer Nature Singapore Pte Ltd., 2021, T. Ishikawa, PAICS: Development of an Open-Source Software of Fragment Molecular Orbital Method for Biomolecule (Chapter 5 : 69-76) (DOI: 10.1007/978-981-15-9235-5_5) | ||
| Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method; Y. Mochizuki, S. Tanaka, K. Fukuzawa Eds, Springer Nature Singapore Pte Ltd., 2021, Y. Mochizuki, T. Nakano, K. Sakakura, Y. Okiyama, H. Watanabe, K. Kato, Y. Akinaga, S. Sato, J. Yamamoto, K. Yamashita, T. Murase, T. Ishikawa, Y. Komeiji, Y. Kato, N. Watanabe, T. Tsukamoto, H. Mori, K. Okuwaki, S. Tanaka, A. Kato, C. Watanabe, K. Fukuzawa, The ABINIT-MP Program (Chapter 4 : 53-67) (DOI: 10.1007/978-981-15-9235-5_4) |
| 発表・講演 | ||
| Joint Symposium of JTBW2021 and KNJS2021（2021年11月22-23日, オンライン開催） Development of visualization of the interfacial electrostatic complementarity (VIINEC) and an application to antibodies targeting PD-1/PD-L1 interaction, ○H. Ozono, T. Ishikawa (ポスター発表, 国際会議, 英語) | ||
| Joint Symposium of JTBW2021 and KNJS2021（2021年11月22-23日, オンライン開催） Computational study on the inclusion mechanism of cyclodextran using quantum chemical calculation and molecular dynamics simulation, ○W. Imamura, T. Ishikawa (ポスター発表, 国際会議, 英語) | ||
| CBI学会2021年大会（2021年10月26-28日, オンライン開催） フォーカストセッション「ペプチド創薬を指向した計算科学の最前線」 ドッキング計算を利用したヒト主要組織適合抗原とペプチドの結合親和性計算法の開発, ○石川岳志 (口頭発表, 国内会議, 日本語) | ||
| CBI学会2021年大会（2021年10月26-28日, オンライン開催） Application of visualization of the interfacial electrostatic complementarity (VIINEC) to antibodies targeting PD-1/PD-L1 interaction, ○H. Ozono, T. Ishikawa (ポスター発表, 国内会議, 日本語) | ||
| CBI学会2021年大会（2021年10月26-28日, オンライン開催） A computational study for the development of anti-prion compounds using the docking simulation, ○D. Arimura, T. Ishikawa (ポスター発表, 国内会議, 日本語) | ||
| CBI学会2021年大会（2021年10月26-28日, オンライン開催） Visualization of the interfacial electrostatic complementarity: A method for analysis of protein-protein interaction based on fragment molecular orbital method, H. Ozono, ○T. Ishikawa (口頭発表, 国内会議, 日本語) | ||
| 令和3年度化学系学協会東北大会（2021年10月2-3日, オンライン開催） デオキシリボヌクレオチドとリボヌクレオチドの違いによるIgGアプタマーの結合プロファイルの解析, ○山崎凌司, 金田一樹, 吉田尚恵, 坂本泰一, 石川岳志, 山岸賢司 (ポスター発表, 国内会議, 日本語) | ||
| 令和3年度化学系学協会東北大会（2021年10月2-3日, オンライン開催） 分子シミュレーションを用いたヒト抗体(IgG)に特異的に結合する新規修飾アプタマーの分子設計, ○金田一樹，石井清一郎，坂本泰一，石川岳志，山岸賢司 (ポスター発表, 国内会議, 日本語) | ||
| 第58回化学関連支部合同九州大会（2021年7月3日, オンライン開催） 量子化学計算及び分子動力学計算による環状糖鎖の包接機構の理論的研究, ○今村亘, 山﨑智大, 日野志朗, 石川岳志 (ポスター発表, 国内会議, 日本語) | ||
| 令和２年度鹿児島大学異分野融合研究プロジェクト創出研究助成事業研究報告会 (2021年3月31日, ハイブリッド開催) デジタル創薬の基盤技術の構築と新型コロナウイルス治療薬リード化合物の探索, ○石川岳志, 須藤正幸 (口頭発表, 学内限定, 日本語) | ||
| 第94回日本細菌学会総会 （2021年3月23-25日, オンライン開催） 歯周病細菌叢の病原性を抑える試み ○佐藤啓子, 納屋昌実, 近藤好夫, 武部克希, 内藤真理子, 鈴木守, 今田勝巳, 石川岳志, 佐藤主税 (口頭発表（シンポジウム）,国内会議, 日本語) | ||
| 第68回応用物理学会春季学術講演会 (2021年3月16-19日, オンライン開催) フラグメント分子軌道法に基づく静電相互作用解析法の開発とSARS-CoV-2スパイクタンパク質への応用, ○石川岳志, 大園紘貴, 小原弘樹, 秋澤和輝, 畑田崚, 奥脇弘次, 望月祐志 (口頭発表, 国内会議, 日本語) | ||
| 日本化学会第101春季年会 (2021年3月19-22日, オンライン開催) 抗体医薬品開発をめざしたFMO法に基づくタンパク質間相互作用解析法の開発と応用, ○大園紘貴, 石川岳志 (ポスター発表, 国内会議, 日本語) |
| 論文 |
| 石川岳志*, ソフトウエア紹介「生体分子量子化学計算プログラム「PAICS」の紹介」, 分子シミュレーション学会誌「アンサンブル」, 22 (2020) 345 (DOI: 10.11436/mssj.22.345) | ||
| T. Ishikawa*, A novel method for analysis of the electrostatic complementarity of protein-protein interaction based on fragment molecular orbital method, Chem. Phys. Lett., 761 (2020) 138103, (DOI: 10.1016/j.cplett.2020.138103) | ||
| T. Miyazaki*, M. Sumiyoshi, J. Makau, S. Mizuta, Y. Tanaka, T. Ishikawa, K. Makimura, T. Hirayama, T. Takazono, T. Saijo, H. Yamaguchi, S. Shimamura, K. Yamamoto, Y. Imamura, N. Sakamoto, Y. Obase, K. Izumikawa, K. Yanagihara, S. Kohno, H. Mukae, Novel and potent antimicrobial effects of caspofungin on drug-resistant Candida and bacteria, Sci. Rep., 10 (2020) 17745, (DOI: 10.1038/s41598-020-74749-8) | ||
| D. Ishibashi*, T. Ishikawa, S. Mizuta, H. Tange, T. Nakagaki, T. Hamada, N. Nishida, Novel compounds identified by structure-based prion disease drug discovery using in silico screening delay the progression of an illness in prion-infected mice, Neurotherapeutics, 17 (2020), 1836, (DOI: 10.1007/s13311-020-00903-9) | ||
| J. N. Makau, K. Watanabe*, H. Otaki, S. Mizuta, T. Ishikawa, Y. O. Kamatari, and N. Nishida, A quinolinone compound inhibiting the oligomerization of nucleoprotein of influenza A virus prevents the selection of escape mutants, Viruses, 12 (2020) 337 (DOI: 10.3390/v12030337) | ||
| H. Yoshida, K. Sato, T. Ishikawa, T. Sakamoto, K. Yamagishi* Binding interaction analysis of RNA aptamer-Fc region of human immunoglobulin G using fragment molecular orbital calculation, Chem. Phys. Lett., 738 (2020) 126854 (DOI: 10.1016/j.cplett.2019.136854) |
| 発表・講演 | ||
| 2020年日本化学会九州支部秋期研究発表会 (2020年11月28-29日, オンライン開催) FMO法を用いたタンパク質間相互作用解析法の開発と免疫チェックポイント阻害剤への応用, ○大園紘貴, 石川岳志 (ポスター発表, 国内会議, 日本語) | ||
| 日本コンピュータ化学会2020年秋季年会 (2020年11月6-7日, 鹿児島(オンライン開催)) 塩基触媒による不斉Diels-Alder(DA)反応のMO法シミュレーションによる定量的解析と展開, ○染川賢一, 上田岳彦, 吉留俊史, 石川岳志, 錦織寿, 岡村浩昭 (口頭発表, 国内海外, 日本語) | ||
| イノベーション・ジャパン2020 (2020年9月28-11月30日, オンライン開催) 医薬品開発を指向した量子化学プログラム｢PAICS｣の開発, ○石川岳志 (パネル展示, 国内会議, 日本語) | ||
| 日本コンピュータ化学会2020年秋季年会 (2020年11月6-7日, 鹿児島(オンライン開催)) 生命科学を指向した量子化学計算プログラム「PAICS」の開発と応用, ○石川岳志 (招待講演, 口頭発表, 国内海外, 日本語) | ||
| 生物物理学会中部支部講演会 (2020年3月5日, 名古屋) 先回り創薬のための薬剤耐性変異予測とin vitro評価系の構築, ○鎌足雄司, 小林美穂, 石川岳志, 大滝大樹，J. N. Makau，渡邊健，西田教行 (ポスター発表, 国内会議, 日本語, 開催中止) | ||
| 第9回岐阜構造生物学・医学･論理的創薬シンポジウム (2020年3月23日, 岐阜) 量子化学計算によるRNAウイルス薬剤耐性変異予測の試み, ○石川岳志 (招待講演, 国内会議, 日本語, 誌上シンポジウムとして開催) | ||
| 日本薬学会第140年会 (2020年3月25-28日, 京都) エボラウイルスVP40による粒子産生を標的とした新規化合物の同定, ○浦田秀造, Omotuyi Olaposi Idowu, 石川岳志, 水田賢志, 櫻井康晃, 水谷龍明, 植田弘師, 田中義正, 安田二朗 (口頭発表, 国内会議, 日本語, 開催中止) |
| その他 |
| T. Ishikawa, A novel method for visualizing the electrostatic complementarity of protein-protein interaction based on fragment molecular orbital method, Authorea. May 06, 2020 (DOI: 10.22541/au.158872397.77591896) （T. Ishikawa, Chem. Phys. Lett., 761 (2020) 138103のプレプリント） |
| 論文 |
| 石井清一郎, 関口真裕, 吉田尚恵, 増川恵介, 石川岳志, 坂本泰一, 山岸賢司* 分子動力学計算によるRNAアプタマーとヒト抗体の複合体形成におけるCa2+の役割の解析, J. Comput. Chem. Jpn., 18 (2019) 208-210 (DOI: 10.2477/jccj.2019-0051) | ||
| F. Mi-ichi*, T. Ishikawa, Vo Kha Tama, S. Deloer, S. Hamano, T. Hamada, H. Yoshida, Characterization of Entamoeba histolytica adenosine 5'-phosphosulfate (APS) kinase; validation as a target and provision of leads for the development of new drugs against amoebiasis, PLOS Neglected Tropical Diseases, 13 (2019) e0007633 (DOI: 10.1371/journal.pntd.0007633) | ||
| S. Urata, T. Ishikawa, J. Yasuda*, Roles of YIGL sequence of Ebola virus VP40 on genome replication and particle production, J. Gen. Virol., 100 (2019) 1099-1111 (DOI: 10.1099/jgv.0.001286) | ||
| K. Yamaguchi, Y. O. Kamatari, F. Ono, H. Shibata, T. Fuse, A. Elhelaly, M. Fukuoka, T. Kimura, J. Hosokawa-Muto, T. Ishikawa, M. Tobiume, Y. Takeuchi, Y. Matsuyama, D. Ishibashi, N. Nishida, K. Kuwata*, A designer molecular chaperone against transmissible spongiform encephalopathy slows disease progression in mice and macaques, Nat. Biomed. Eng., 3 (2019) 206-219 (DOI: 10.1038/s41551-019-0349-8) | ||
| K. Okuda, M. Araki, T. Sakashita, B. Ma, R. Kanada, N. Yanagitani, A. Horiike, S. Koike, T. Oh-hara, K. Watanabe, K. Tamai, M. Maemondo, M. Nishio, T. Ishikawa, Y. Okuno, N. Fujita, R. Katayama*, Prediction of ALK Mutations Mediating ALK-TKIs Resistance and Drug Re-Purposing to Overcome the Resistance, EBioMedicine 41 (2019) 105-119 (DOI: 10.1016/j.ebiom.2019.01.019) | ||
| T. Tokiwa, S. Nakano*, Y. Yamamoto, T. Ishikawa, S. Ito, V. Sladek, K. Fukuzawa, Y. Mochizuki, H. Tokiwa*, F. Misaizu, Y. Shigeta*, Development of analysis toolkit to visualize interaction energies generated by fragment molecular orbital calculations J. Chem. Inf. Model. 59 (2019) 25-30 (DOI: 10.1021/acs.jcim.8b00649) | ||
| Y. Miyazaki, T. Ishikawa, Y. O. Kamatari, T. Nakagaki, H. Takatsuki, D. Ishibashi, K. Kuwata, N. Nishida*, R. Atarashi*, Identification of alprenolol hydrochloride as an anti-prion compound using surface plasmon resonance imaging, Mol. Neurobiol. 56 (2019) 367-377 (DOI: 10.1007/s12035-018-1088-7) |
| 発表・講演 | ||
| 第42回日本分子生物学会年会（2019年12月3-6日, 福岡） 抗体に結合するアプタマーと金属イオンの相互作用解析, ○古峰真樹，吉田尚恵，関口真裕，石川岳志，山岸賢司，坂本泰一, (ポスター発表, 国内会議, 日本語) | ||
| J-PRIDE 研究成果発表会 「重症・難治性感染症の理解と予防・治療法の開発に向けて～若手研究者たちの挑戦～」（2019年11月, 東京） 薬剤耐性RNAウイルス出現予測法の確立と迅速制御のためのインシリコ創薬, 西田教行, 田中義正, ○石川岳志, 水田賢志, 大滝大樹, 鎌足雄司, 渡邊健 (口頭発表, 国内学会, 日本語) | ||
| 第67回日本ウイルス学会学術集会（2019年10月29-31日, 東京） フィロウイルスVP40による粒子形成を阻害する新規化合物の同定, ○浦田秀造, 石川岳志, 水田賢志, Omotuyi Olaposi, 水谷龍明, 植田弘師, 田中義正, 安田二朗 (口頭発表, 国内学会, 日本語) | ||
| 日本コンピュータ化学会2019年秋季年会（2019年10月24-25日, 広島） 分子シミュレーションによるRNAアプタマー- IgG複合体の相互作用解析および複合体形成におけるCa2+の影響, ○石井清一郎, 吉田尚恵, 増川恵介, 石川岳志, 坂本泰一, 山岸賢司, (ポスター発表, 国内会議, 日本語) | ||
| 2019年CBI学会（2019年10月22-24, 東京） Combined computational and experimental study on the binding mechanism of RNA aptamer to human Immunoglobulin G, ○Keisuke Masukawa, Hisae Yoshida, Seiichiro Ishii, Yuuki Yatabe, Takeshi Ishikawa, Taiichi Sakamoto, Kenji Yamagishi (ポスター発表, 国内会議, 英語) | ||
| NDSU KU Joint Symposium on Biotechnology, Nanomaterials and Polymers (October 3-4, 2019, Fargo, USA) Quantum Chemical Calculation of biomolecule with Fragment Molecular Orbital Method: Program Development and Application to Drug Discovery ○T. Ishikawa, (招待講演, 口頭発表, 国際会議, 英語) | ||
| RNAフロンティアミーティング2019（2019年9月24-26日, 静岡） 新規RNAアプタマーの設計を目指したRNAアプタマーと標的分子との結合メカニズム解析, ○増川恵介、吉田尚恵、石井清一郎、石川岳志、坂本泰一、山岸賢司 (口頭発表, 国内会議, 日本語) | ||
| 第72回日本細菌学会・第56回日本ウイルス学会九州支部総会（2019年09月13-14日, 熊本） 計算化学を利用した薬剤耐性変異予測法の開発とオセルタミビル耐性インフルエンザウイルスでの検証, ○石川岳志, 大滝大樹, J. N. Makaub, 渡邊健, 水田賢志, 鎌足雄司, 田中義正, 西田教行 (口頭発表, 国内学会, 日本語) | ||
| 第19回日本タンパク質科学会（2019年06月24-26日, 神戸） Binding mechanism between RNA aptamer and target molecule, ◯Keisuke MASUKAWA, Hisae YOSHIDA, Atsushi TANAKA, Seiichiro ISHII, Yuuki YATABE, Takeshi ISHIKAWA, Taiichi SAKAMOTO, Kenji YAMAGISHI, (ポスター発表, 国内会議, 日本語) | ||
| 第19回日本タンパク質科学会（2019年06月24-26日, 神戸） Correlation between dynamic structure and binding affinity of AML1 aptamer, ○Atsushi TANAKA, Keisuke MASUKAWA, Hisae YOSHIDA, Takeshi ISHIKAWAK, Taiichi SAKAMOTO, Kenji YAMAGISHI, (ポスター発表, 国内会議, 日本語) | ||
| 日本コンピュータ化学会2019年春季年会（2019年6月6-7, 東京） 3-ヒドロキシ-2-ピリドン等の塩基触媒下, 立体選択的Diels-Alder（DA）反応機構の分子軌道法シミュレーションによる解析と展開, ○染川賢一, 上田岳彦, 吉留俊史, 石川岳志, 錦織寿, 岡村浩昭 （ポスター, 国内, 日本語） | ||
| 日本化学会第99回春季大会 (2019年3月16-19日, 神戸) 分子動力学計算によるIgGアプタマーの構造特性の解析, ○石井清一郎, 吉田尚恵, 増川恵介, 矢田部優貴, 秋田一雅, 猪股恵美礼, 石川岳志, 坂本泰一, 山岸賢司 (ポスター, 国内, 日本語) | ||
| 第18回FMO研究会 （2019年3月14日, 東京） FMOプログラム「PAICS」の開発と生命科学分野への応用, ○石川岳志, (依頼講演, 国内, 日本語) |
| その他 |
| 佐賀大学・長崎大学・鹿児島大学による赤痢アメーバの増殖を阻害する化合物開発の共同研究が2019年10月7日付けの佐賀新聞に掲載 | ||
| 特願2019-069458(2019年3月29日),「抗ウイルス薬」, 水田賢志, 大滝大樹, 田中義正, 畑山範, 石川岳志, 池田正徳, 武田綠 | ||
| 石川岳志, ホットトピックス「コンピュータで探る免疫系の分子機構：分子動力学計算による強皮症の遺伝的リスクの研究」, CBI学会誌2019年第7巻第1号（PDF） | ||
| 2019年01月17日 石川岳志が日本大学大学院工学研究科の授業（ロハス工学特論II・大学院1年生）で「コンピュータを利用した医薬品開発 ～理論・プログラム開発・応用例～」というタイトルで講演しました | ||
| 2019年01月17日 石川岳志が日本大学工学部生命応用化学科の授業（化学統計学・学部2年生）で「医学および薬学分野における分子シミュレーション」というタイトルで講演しました |
| 論文 |
| T. Ishikawa*, K. Sakakura, Y. Mochizuki, RI-MP3 calculations of biomolecules based on the fragment molecular orbital method, J. Comput. Chem., 39 (2018) 1970-1978 (DOI: 10.1002/jcc.25368) | ||
| T. Ishikawa*, S. Mizuta, O. Kaneko, K. Yahata, Fragment Molecular Orbital Study of the Interaction Between Sarco/Endoplasmic Reticulum Ca2+-ATPase and Its Inhibitor Thapsigargin Toward Anti-Malarial Development, J. Phys. Chem. B, 122 (2018) 7970-7977 (DOI: 10.1021/acs.jpcb.8b04509) | ||
| T. Ishikawa*, Ab initio quantum chemical calculation of electron density, electrostatic potential, and electric field of biomolecule based on fragment molecular orbital method, Int. J. Quantum Chem., 118 (2018) e25535 (DOI: 10.1002/qua.25535) (selected as cover image) | ||
| S. Yamaguchi, N. Horie*, K. Satoh, T. Ishikawa, T. Mori, H. Maeda, Y. Fukuda, S. Ishizaka, T. Hiu, Y. Morofuji, T. Izumo, N. Nishida, T. Matsuo, Age of Donor of Human Mesenchymal Stem Cells Affects Structural and Functional Recovery after Cell Therapy Following Ischaemic Stroke, J. Cerebr. Blood. F. Met., 38 (2018) 1199-1212 (DOI: 10.1177/0271678X17731964) |
| 発表・講演 | ||
| 日本分子生物学会 (2018年11月28-30日, 横浜), 抗体に結合する化学修飾アプタマーの熱力学的解析, ○矢田部優貴，吉田尚恵，関口真裕，秋田一雅，猪股恵美礼，中村義一，野村祐介，石川岳志，山岸賢司，坂本泰一, (ポスター, 国内, 日本語) | ||
| 2018年CBI学会 (2018年10月9-11日, 東京), Data Analysis Toolkits of Fragment Molecular Orbital Calculations to Visualize Interaction Energies Using the GUI Plugin for PyMOL, ○T. Tokiwa, S. Nakano, Y. Yamamoto, T. Ishikawa, S. Ito, K. Fukuzawa, Y. Mochizuki, H. Tokiwa, Y. Shigeta, (ポスター, 国内, 英語) | ||
| 2018年CBI学会 (2018年10月9-11日, 東京), Efficient implementation of FMO-RI-MP3 method in PAICS, ○T. Ishikawa, K. Sakakura, Y. Mochizuki, (ポスター, 国内, 英語) | ||
| 第55回日本ウイルス学会九州支部総会 (2018年9月7-8日, 北九州), インフルエンザウイルス複製を標的とした蛋白質－蛋白質相互作用阻害剤の開発, ○渡邊健, J. N. Makau, 石川岳志, 大滝大樹, 水田賢志, 中垣岳大, 石橋大輔, 浦田秀造, 安田二朗, 西田教行 (口頭, 国内会議, 日本語) | ||
| 第55回日本ウイルス学会九州支部総会 (2018年9月7-8日, 北九州), Identification of influenza A virus inhibitors targeting viral nucleoprotein, ○J. N. Makau, K. Watanabe, T. Ishikawa, S. Mizuta, N. Kobayashi, N. Nishida, (口頭, 国内会議, 英語) | ||
| 生体機能と創薬シンポジウム2018 (2018年8月23-24, 福岡), in silicoプリオン病創薬における薬効特異性の評価, ○石橋大輔, 中垣岳大, 石川岳志, 水田賢志, 濱田剛, 西田教行, (ポスター発表, 国内会議, 日本語) | ||
| 日本薬学会第138年会 (2018年3月25-28日, 金沢), 新規作用機序をもつ抗インフルエンザウイルス薬の開発, 渡辺健, 石川岳志, 大滝大樹, 水田賢志, 濱田剛, 浦田秀造, 安田二朗, 田中義正, 西田教行 (ポスター発表, 国内会議, 日本語) |
| その他 |
| 特願2018-177224 (2018年9月21日),「プリオン病治療薬」, 石橋大輔, 西田教行, 水田賢志, 石川岳志 | ||
| PCT/JP2018/013592 (2018年3月30日),「キノリノン化合物および抗ＲＮＡウイルス薬」, 水田賢志, 渡辺健, 西田教行, 濱田剛, 石川岳志, 田中義正, 大滝大樹, 安田二郎, 浦田秀造 |
| 2017年以前 | ||
| 個人業績 を参照 |
© 2018 鹿児島大学 大学院理工学研究科 化学生命･化学工学専攻 生命計算化学研究室