研究室：メンバー（石川岳志）


石川岳志
	学位	博士（理学）

	現職	鹿児島大学学術研究院理工学域工学系工学専攻教授
	職場	鹿児島県鹿児島市郡元1丁目21番40号鹿児島大学工学部化学生命工学棟 3階
		099-285-8334
		ishi [at] cb.kagoshima-u.ac.jp

学歴


	1999年03月	北海道大学理学部化学第二学科卒業

	2001年03月	北海道大学大学院理学研究科化学専攻修士課程修了

	2005年03月	北海道大学大学院理学研究科化学専攻博士後期課程修了

職歴


	2005年04月	独立行政法人科学技術振興機構博士研究員（立教大学）

	2008年03月	岐阜大学人獣感染防御研究センター助教

	2012年04月	東北大学工学研究科付属エネルギー安全科学国際研究センター助教

	2013年02月	長崎大学大学院医歯薬学総合研究科准教授

	2018年10月	鹿児島大学学術研究院理工学域工学系教授

所属学会


	2006年03月～現在	日本化学会

	2010年06月～現在	日本生物物理学会

	2013年04月～現在	情報計算化学生物（CBI）学会

	2015年04月～現在	日本薬学会

	2021年01月～現在	応用物理学会

	2023年08月～現在	American Chemical Society

学会活動


	2013年04月～現在	CBI学会プログラム委員

	2013年04月～現在	CBIジャーナル編集委員分野長（分野1）

	2014年04月～現在	CBI学会評議員

	2022年01月～2023年12月	CBI学会実行委員

	2018年01月～2018年12月	CBI学会実行委員

業績


	Google Scholar

	ORCiD (0000-0002-3187-1381)

	Web of Science ResearcherID (AAH-5802-2019)

	Research Map

	鹿児島大学研究者総覧


	英文論文（査読付き）
	[75]	S. Mizuta, T. Yamaguchi, T. Ishikawa Nucleophilic fluorine substitution reaction of α-carbonyl benzyl bromide, phenylthiofluoroalkyl bromide, and 2-bromo-2-phenoxyacetnitirle*, RSC Advances, 14 (2024) 19062 (DOI: 10.1039/d4ra03085k)

	[74]	S. Kousaka, T. Ishikawa, Quantum Chemistry-Based Protein-Protein Docking without Empirical Parameters*, J. Chem. Theory Comput., 20 (2024) 5164 (DOI: 10.1021/acs.jctc.4c00531)

	[73]	W. Imamura, T. Yamasaki, H. Kato, T. Ishikawa, Computational study on the inhibition mechanism of cyclodextran against GTF-SI from Streptococcus mutans focusing on the glucan-binding domain*, Carbohydrate Polymer Technologies and Applications, 7 (2024) 100473 (DOI: 10.1016/j.carpta.2024.100473)

	[72]	S. Mizuta, M. Tabira, N. Shichiro, T. Yamaguchi, J. Ishihara, T. Ishikawa, Reaction Mechanism and Origin of Stereoselectivity in the Fluorination and Trifluoromethylthiolation of 2-Bromoamides with AgF and AgSCF3, Eur. J. Org. Chem. 27 (2024) e202301100 (DOI: 10.1002/ejoc.202301100)

	[71]	T. Toyomoto, K. Ono, T. Shiba, K. Momitani, T. Zhang, H. Tsutsuki, T. Ishikawa, K. Hoso, K. Hamada, A. Rahman, L. Wen, K. Yamamoto, M. Matsuoka, K. Hanaoka, T. Niidome, T. Akaike, T. Sawa, Alkyl Gallates Inhibit Serine O-Acetyltransferase in Bacteria and Enhance Susceptibility of Drug-Resistant Gram-Negative Bacteria to Antibiotics, Frontiers in Microbiology, 14 (2023) 1276447 (DOI: 10.3389/fmicb.2023.1276447)

	[70]	W. Imamura, T. Yamasaki, H. Kato, T. Ishikawa, Insights into the molecular interaction of cyclodextran with a guest molecule: A computational study*, Carbohydrate Polymers, 301A (2023) 120315, (DOI: 10.1016/j.carbpol.2022.120315)

	[69]	H. Ozono, K. Mimoto, T. Ishikawa, Quantification and Neutralization of Interfacial Electrostatic Potential and Visualization of Dispersion Interaction in VIINEC*, J. Phys. Chem. B, 126 (2022) 8415, (DOI: 10.1021/acs.jpcb.2c05033)

	[68]	Y. Kudo, M. Fujita, A. Ota, Y. Kamatari, Y. Tanaka, T. Ishikawa, T. Okada, N. Toyooka, N. Fujimoto, T. Matsunaga, A. Ikari, S. Endo, Discovery and structure-based optimization of novel Atg4B inhibitors for the treatment of castration-resistant prostate cancer*, J. Med. Chem., 65 (2022) 4878, (DOI: 10.1021/acs.jmedchem.1c02113)

	[67]	S. Urata, O. I. Omotuyi, A. Izumisawa, T. Ishikawa, S. Mizuta, Y. Sakurai, T. Mizutani, H. Ueda, Y. Tanaka, J. Yasuda, Identification of novel chemical compounds targeting filovirus VP40-mediated particle production, Antiviral Res., 199 (2022) 105267, (DOI: 10.1016/j.antiviral.2022.105267)

	[66]	S. Mizuta, H. Otaki, T. Ishikawa, J. N. Makau, T. Yamaguchi, T. Fujimoto, N. Takakura, N. Sakauchi, S. Kitamura, H. Nono, R. Nishi, Y. Tanaka, K. Takeda, N. Nishida, K. Watanabe, Lead Optimization of Influenza Virus RNA Polymerase Inhibitors Targeting PA-PB1 Interaction, J. Med. Chem., 65 (2022) 369, (DOI: 10.1021/acs.jmedchem.1c01527)

	[65]	S. Mizuta, K. Kitamura, Y. Morii, J. Ishihara, T. Yanaguchi, T. Ishikawa, Trifluoromethylthiolation of hindered α-bromoamides with nucleophilic trifluoromethylthiolating reagents*, J. Org. Chem., 86, (2021) 18017, (DOI: 10.1021/acs.joc.1c02316)

	[64]	T. Ishikawa, H. Ozono, K. Akisawa, R. Hatada, K. Okuwaki, Y. Mochizuki, Application of Visualization of the Interfacial Electrostatic Complementarity to Molecular Interaction Analysis on SARS-CoV-2 Spike Protein Receptor Binding Domain*, J. Phys. Chem. Lett., 12 (2021) 11267, (DOI: 10.1021/acs.jpclett.1c02788)

	[63]	H. Ozono, T. Ishikawa* Visualization of the interfacial electrostatic complementarity: A method for analysis of protein-protein interaction based on ab initio quantum chemical calculations, J. Chem. Theory Comput. 17 (2021) 5600, (DOI: 10.1021/acs.jctc.1c00475)

	[62]	M. M. N. Tun, K. Morita, T. Ishikawa, S. Urata, The antiviral effect of the chemical compounds targeting DED/EDh motifs of the viral proteins on Lymphocytic Choriomeningitis virus and SARS-CoV-2, Viruses, 13 (2021) 1220, (DOI: 10.3390/v13071220)

	[61]	S. Mizuta, K. Kitamura, A. Kitagawa, T. Yamaguchi, T. Ishikawa, A simple method for fluorination of α-bromoamides using silver fluoride*, Chem. Eur. J., 27 (2021) 5930, (DOI: 10.1002/chem.202004769)

	[60]	T. Ishikawa, A novel method for analysis of the electrostatic complementarity of protein-protein interaction based on fragment molecular orbital method*, Chem. Phys. Lett., 761 (2020) 138103, (DOI: 10.1016/j.cplett.2020.138103)

	[59]	T. Miyazaki, M. Sumiyoshi, J. Makau, S. Mizuta, Y. Tanaka, T. Ishikawa, K. Makimura, T. Hirayama, T. Takazono, T. Saijo, H. Yamaguchi, S. Shimamura, K. Yamamoto, Y. Imamura, N. Sakamoto, Y. Obase, K. Izumikawa, K. Yanagihara, S. Kohno, H. Mukae, Novel and potent antimicrobial effects of caspofungin on drug-resistant Candida and bacteria*, Sci. Rep., 10 (2020) 17745, (DOI: 10.1038/s41598-020-74749-8)

	[58]	D. Ishibashi, T. Ishikawa, S. Mizuta, H. Tange, T. Nakagaki, T. Hamada, N. Nishida, Novel compounds identified by structure-based prion disease drug discovery using in silico screening delay the progression of an illness in prion-infected mice*, Neurotherapeutics, 17 (2020) 1836, (DOI: 10.1007/s13311-020-00903-9)

	[57]	J. N. Makau, K. Watanabe, H. Otaki, S. Mizuta, T. Ishikawa, Y. O. Kamatari, and N. Nishida, A quinolinone compound inhibiting the oligomerization of nucleoprotein of influenza A virus prevents the selection of escape mutants*, Viruses, 12 (2020) 337, (DOI: 10.3390/v12030337)

	[56]	H. Yoshida, K. Sato, T. Ishikawa, T. Sakamoto, K. Yamagishi, Binding interaction analysis of RNA aptamer-Fc region of human immunoglobulin G using fragment molecular orbital calculation*, Chem. Phys. Lett., 738 (2020) 136854, (DOI: 10.1016/j.cplett.2019.136854)

	[55]	F. Mi-ichi, T. Ishikawa, Vo Kha Tama, S. Deloer, S. Hamano, T. Hamada, H. Yoshida, Characterization of Entamoeba histolytica adenosine 5'-phosphosulfate (APS) kinase; validation as a target and provision of leads for the development of new drugs against amoebiasis*, PLOS Neglected Tropical Diseases, 13 (2019) e0007633, (DOI: 10.1371/journal.pntd.0007633)

	[54]	S. Urata, T. Ishikawa, J. Yasuda, Roles of YIGL sequence of Ebola virus VP40 on genome replication and particle production*, J. Gen. Virol., 100 (2019) 1099-1111 (DOI: 10.1099/jgv.0.001286)

	[53]	K. Yamaguchi, Y. O. Kamatari, F. Ono, H. Shibata, T. Fuse, A. Elhelaly, M. Fukuoka, T. Kimura, J. Hosokawa-Muto, T. Ishikawa, M. Tobiume, Y. Takeuchi, Y. Matsuyama, D. Ishibashi, N. Nishida, K. Kuwata, A designer molecular chaperone against transmissible spongiform encephalopathy slows disease progression in mice and macaques*, Nat. Biomed. Eng., 3 (2019) 206-219 (DOI: 10.1038/s41551-019-0349-8)

	[52]	K. Okuda, M. Araki, T. Sakashita, B. Ma, R. Kanada, N. Yanagitani, A. Horiike, S. Koike, T. Oh-hara, K. Watanabe, K. Tamai, M. Maemondo, M. Nishio, T. Ishikawa, Y. Okuno, N. Fujita, R. Katayama, Prediction of ALK Mutations Mediating ALK-TKIs Resistance and Drug Re-Purposing to Overcome the Resistance*, EBioMedicine, 41 (2019) 105-119 (DOI: 10.1016/j.ebiom.2019.01.019)

	[51]	T. Tokiwa, S. Nakano, Y. Yamamoto, T. Ishikawa, S. Ito, V. Sladek, K. Fukuzawa, Y. Mochizuki, H. Tokiwa, F. Misaizu, Y. Shigeta, Development of analysis toolkit to visualize interaction energies generated by fragment molecular orbital calculations*, J. Chem. Inf. Model., 59 (2019) 25-30 (DOI: 10.1021/acs.jcim.8b00649)

	[50]	Y. Miyazaki, T. Ishikawa, Y. O. Kamatari, T. Nakagaki, H. Takatsuki, D. Ishibashi, K. Kuwata, N. Nishida, R. Atarashi, Identification of alprenolol hydrochloride as an anti-prion compound using surface plasmon resonance imaging, Mol. Neurobiol. 56 (2019) 367-377 (DOI: 10.1007/s12035-018-1088-7)

	[49]	T. Ishikawa, K. Sakakura, Y. Mochizuki, RI-MP3 calculations of biomolecules based on the fragment molecular orbital method*, J. Comput. Chem., 39 (2018) 1970-1978 (DOI: 10.1002/jcc.25368)

	[48]	T. Ishikawa, S. Mizuta, O. Kaneko, K. Yahata, Fragment Molecular Orbital Study of the Interaction Between Sarco/Endoplasmic Reticulum Ca²⁺-ATPase and Its Inhibitor Thapsigargin Toward Anti-Malarial Development*, J. Phys. Chem. B, 122 (2018) 7970-7977 (DOI: 10.1021/acs.jpcb.8b04509)

	[47]	T. Ishikawa, Ab initio quantum chemical calculation of electron density, electrostatic potential, and electric field of biomolecule based on fragment molecular orbital method*, Int. J. Quantum Chem., 118 (2018) e25535 (DOI: 10.1002/qua.25535) (selected as cover image)

	[46]	S. Yamaguchi, N. Horie, K. Satoh, T. Ishikawa, T. Mori, H. Maeda, Y. Fukuda, S. Ishizaka, T. Hiu, Y. Morofuji, T. Izumo, N. Nishida, T. Matsuo, Age of Donor of Human Mesenchymal Stem Cells Affects Structural and Functional Recovery after Cell Therapy Following Ischaemic Stroke*, J. Cerebr. Blood. F. Met., 38 (2018) 1199-1212 (DOI: 10.1177/0271678X17731964)

	[45]	K. Watanabe, T. Ishikawa, H. Otaki, S. Mizuta, T. Hamada, T. Nakagaki, D. Ishibashi, S. Urata, J. Yasuda, Y. Tanaka, N. Nishida, Structure-based drug discovery for combating influenza virus by targeting the PA-PB1 interaction*, Sci. Rep., 7 (2017) 9500 (DOI: 10.1038/s41598-017-10021-w)

	[44]	T. Ishikawa, H. Otaki, S. Mizuta, M. Kuriyama, O. Onomura, N. Higuchi, M. N. Nakashima, M. Nakashima, K. Ohyama, Computational study of the competitive binding of valproic acid glucuronide and carbapenem antibiotics to acylpeptide hydrolase, Drug Metabolism and Pharmacokinetics, 32 (2017) 201-207 (DOI: 10.1016/j.dmpk.2017.04.002)

	[43]	J. N. Makau, K. Watanabe, T. Ishikawa, S. Mizuta, T. Hamada, N. Kobayashi, N. Nishida, Identification of small molecule inhibitors for influenza A virus using in silico and in vitro approaches*, PLoS ONE, 12 (2017) e0173582 (DOI: 10.1371/journal.pone.0173582)

	[42]	S. Nakano, K. Yasukawa, T. Tokiwa, T. Ishikawa, E. Ishitsubo, N. Matsuo, S. Ito, H. Tokiwa, Y. Asano, Origin of Stereoselectivity and Substrate/ligand Recognition in an FAD-Dependent R-Selective Amine Oxidase, J. Phys. Chem. B, 120 (2016) 10736-10743 (DOI: 10.1021/acs.jpcb.6b09328)

	[41]	T. Ishikawa, Prediction of peptide binding to a major histocompatibility complex class I molecule based on docking simulation*, J. Comput. Aid. Mol. Des., 30 (2016) 875-887 (DOI: 10.1007/s10822-016-9967-3)

	[40]	D. Ishibashi, T. Nakagaki, T. Ishikawa, R. Atarashi, K. Watanabe, F. Cruz, T. Hamada, N. Nishida, Structure-based drug discovery for prion disease by using a novel binding simulation*, EBioMedicine, 9 (2016) 238-249 (DOI: 10.1016/j.ebiom.2016.06.010)

	[39]	N. Sriwilaijaroen, S. Magesh, A. Imamura, H. Ando, H. Ishida, M. Sakai, E. Ishitsubo, T. Hori, S. Moriya, T. Ishikawa, K. Kuwata, T. Odagiri, M. Tashiro, H. Hiramatsu, K. Tsukamoto, T. Miyagi, H. Tokiwa, M. Kiso, Y. Suzuki, A Novel Potent and Highly Specific Inhibitor against Influenza Viral N1-N9 Neuraminidases: Insight into Neuraminidase-inhibitor Interactions, J. Med. Chem., 59 (2016) 4563-4577 (DOI: 10.1021/acs.jmedchem.5b01863)

	[38]	K. Pandey, P. Ferreira, T. Ishikawa, T. Nagai, O. Kaneko, K. Yahata, Ca²⁺ monitoring in Plasmodium falciparum using the yellow cameleon-Nano biosensor, Sci. Rep., 6 (2016) 23454 (DOI: 10.1038/srep23454)

	[37]	D. Morita, Y. Yamamoto, T. Mizutani, T. Ishikawa, J. Suzuki, T. Igarashi, N. Mori, T. Shiina, H. Inoko, H. Fujita, K. Iwai, Y. Tanaka, B. Mikami, M. Sugita, Crystal structure of the N-myristoylated lipopeptide-bound MHC class I complex*, Nat. Comm., 7 (2016) 10356 (DOI: 10.1038/ncomms10356)

	[36]	N. Kawashita, H. Yamasaki, T. Miyao, K. Kawai, Y. Sakae, T. Ishikawa, K. Mori, S. Nakamura, H. Kaneko, A Mini-review on Chemoinformatics Approaches for Drug Discovery*, J. Comput. Aided Chem., 16 (2015) 15-29 (DOI: 10.2751/jcac.16.15)

	[35]	Y. Higuchi, T. Ishikawa, N. Ozawa, L. Chazeau, J.-Y. Cavaille, M. Kubo, Different dynamic behaviors of the dissociation and recombination reactions in a model calculation of polyethylene by first-principles steered molecular dynamics simulation*, Chem. Phys., 459 (2015) 96-101 (DOI: 10.1016/j.chemphys.2015.08.007)

	[34]	H. Oku, M. Inafuku, T. Ishikawa, T. Takamine, M. Ishmael, M. Fukuta, Molecular cloning and biochemical characterization of isoprene synthases from the tropical trees Ficus virgata, Ficus septica, and Casuarina equisetifolia*, J. Plant Research, 128 (2015) 849-861 (DOI: 10.1007/s10265-015-0740-9)

	[33]	L. Chang, T. Ishikawa, K. Kuwata, S. Takada, Protein-specific force field derived from the fragment molecular orbital method can improve protein-ligand binding interactions*, J. Comput. Chem., 34 (2013) 1251-1257 (DOI: 10.1002/jcc.23250)

	[32]	T. Ishikawa, R. R. Burri, Yuji O. Kamatari, S. Sakuraba, N. Matubayasi, A. Kitao, K. Kuwata, A theoretical study of the two binding modes between lysozyme and tri-NAG with an explicit solvent model based on the fragment molecular orbital method*, Phys. Chem. Chem. Phys., 15 (2013) 3646-3654 (DOI: 10.1039/C3CP42761G)

	[31]	K. Takemura, R. R. Burri, T. Ishikawa, T. Ishikura, S. Sakuraba, N. Matubayasi, K. Kuwata, A. Kitao, Free-energy analysis of lysozyme-triNAG binding modes with all-atom molecular dynamics simulation combined with the solution theory in the energy representation*, Chem. Phys. Lett., 559 (2013) 94-98 (DOI: 10.1016/j.cplett.2012.12.063)

	[30]	T. Okamoto, T. Ishikawa, Y. Koyano, N. Yamamoto, K. Kuwata, M. Nagaoka, A Minimal Implementation of the AMBER-PAICS Interface for Ab Initio FMO-QM/MM-MD Simulation*, Bull. Chem. Soc. Jap., 86 (2013) 210-222 (DOI: 10.1246/bcsj.20120216)

	[29]	T. Ishikawa, K. Kuwata, RI-MP2 Gradient Calculation of Large Molecules using the Fragment Molecular Orbital Method*, J. Phys. Chem. Lett., 3 (2012) 375-379 (DOI: 10.1021/jz201697x)

	[28]	T. Ishikawa, N. Yamamoto, K. Kuwata, Partial energy gradient based on the fragment molecular orbital method: application to geometry optimization*, Chem. Phys. Lett., 500 (2010) 149-154 (DOI: 10.1016/j.cplett.2010.09.071)

	[27]	T. Ishikawa, K. Kuwata, Acceleration of monomer self-consistent charge process in fragment molecular orbital method*, C.B.I.J., 10 (2010) 24-31 (DOI: 10.1273/cbij.10.24)

	[26]	T. Ishikawa, K. Kuwata, Interaction analysis of the native structure of prion protein with quantum chemical calculations*, J. Chem. Theor. Comput., 6 (2010) 538-547 (DOI: 10.1021/ct900456v)

	[25]	T. Ishikawa, T. Ishikura, K. Kuwata, Theoretical study of the prion protein based on the fragment molecular orbital method*, J. Comput. Chem., 30 (2009) 2594-2601 (DOI: 10.1002/jcc.21265)

	[24]	T. Ishikawa, K. Kuwata, Fragment molecular orbital calculation using the RI-MP2 method*, Chem. Phys. Lett., 474 (2009) 195-198 (DOI: 10.1016/j.cplett.2009.04.045)

	[23]	N. Taguchi, Y. Mochizuki, T. Nakano, S. Amarai, K. Fukuzawa, T. Ishikawa, M. Sakurai, S. Tanaka, Fragment molecular orbital calculations on red fluorescent proteins (DsRed and mFruits)*, J. Phys. Chem. B, 113 (2009) 1153-1161 (DOI: 10.1021/jp808151c)

	[22]	Y. Okiyama, H. Watanabe, K. Fukuzawa, T. Nakano, Y. Mochizuki, T. Ishikawa, K. Ebina, S. Tanaka, Application of the fragment molecular orbital method for determination of atomic charges on polypeptides. II. Toward an improvement of force fields for classical molecular dynamics simulations, Chem. Phys. Lett., 467 (2009) 417-423 (DOI: 10.1016/j.cplett.2008.11.044)

	[21]	Y. Komeiji, T. Ishikawa, Y. Mochizuki, H. Yamataka, T. Nakano, Fragment Molecular Orbital method-based Molecular Dynamics (FMO-MD) as a simulator for chemical reactions in explicit salvation*, J. Comput. Chem., 30 (2009) 40-50 (DOI: 10.1002/jcc.21025)

	[20]	M. Ito, K. Fukuzawa, T. Ishikawa, Y. Mochizuki, T. Nakano, S. Tanaka, Ab Initio Fragment Molecular Orbital Study of Molecular Interactions in Liganded Retinoid X Receptor: Specification of Residues Associated with Ligand Inducible Information Transmission*, J. Phys. Chem. B., 112 (2008) 12081-12094 (DOI: 10.1021/jp803369x)

	[19]	T. Ishikawa, Y. Mochizuki, S. Amari, T. Nakano, S. Tanaka, K. Tanaka, An application of fragment interaction analysis based on local MP2*, Chem. Phys. Lett. 463 (2008) 189-194 (DOI: 10.1016/j.cplett.2008.08.022)

	[18]	M. Sato, H. Yamataka, Y. Komeiji, Y. Mochizuki, T. Ishikawa, T. Nakano, How Does an S_N2 Reaction Take Place in Solution? Full Ab Initio MD Simulations for the Hydrolysis of the Methyl Diazonium Ion*, J. Am. Chem. Soc. Comm. 130 (2008) 2396-2397 (DOI: 10.1021/ja710038c)

	[17]	N. Taguchi, Y. Mochizuki, T. Ishikawa, K. Tanaka, Multi-reference calculations of nitric oxide dimer*, Chem. Phys. Lett. 451 (2008) 31-36 (DOI: 10.1016/j.cplett.2007.11.084)

	[16]	T. Ishikawa, K. Tanaka, Theoretical study on the structure of the ground state and photo-induced metastable states of [M(CN)₅NO]^2- (M=Ru,Fe) and mechanism of the photo-rearrangement among them*, Z. Kristal. 223 (2008) 334-342 (DOI: 10.1524/zkri.2008.0033)

	[15]	Y. Okiyama, H. Watanabe, K. Fukuzawa, T. Nakano, Y. Mochizuki, T. Ishikawa, S. Tanaka, K. Ebina, Application of the fragment molecular orbital method for determination of atomic charges on polypeptides, Chem. Phys. Lett. 449 (2007) 329-335 (DOI: 10.1016/j.cplett.2007.10.066)

	[14]	T. Ishikawa, Y. Mochizuki, S. Amarai, T. Nakano, H. Tokiwa, S. Tanaka, K. Tanaka, Fragment interaction analysis based on local MP2*, Theor. Chem. Acc. 118 (2007) 937-945 (DOI: 10.1007/s00214-007-0374-7)

	[13]	Y. Mochizuki, K. Tanaka, K. Yamashita, T. Ishikawa, T. Nakano, S. Amari, K. Segawa, T. Murase, H. Tokiwa, M. Sakurai, Parallelized integral-direct CIS(D) calculations with multilayer fragment molecular orbital scheme*, Theor. Chem. Acc. 117 (2007) 541-553 (DOI: 10.1007/s00214-006-0181-6)

	[12]	Y. Mochizuki, K. Komeiji, T. Ishikawa, T. Nakano, H. Yamataka, A fully quantum mechanical simulation study on the lowest n-π^ state of hydrated formaldehyde**, Chem. Phys. Lett. 437 (2007) 66-72 (DOI: 10.1016/j.cplett.2007.02.016)

	[11]	Y. Mochizuki, T. Nakano, S. Amari, T. Ishikawa, K. Tanaka, M Sakurai, S. Tanaka, Fragment molecular orbital calculations on red fluorescent protein (DsRed)*, Chem. Phys. Lett. 433 (2007) 360-367 (DOI: 10.1016/j.cplett.2006.11.088)

	[10]	K. Tanaka, Y. Mochizuki, T. Ishikawa, H. Terashima, H. Tokiwa, A graphical symmetric group approach for a spin adapted full configuration interaction: partitioning of a configuration graph into sets of closed-shell and open-shell graphs*, Theor. Chem. Acc. 117 (2007) 397-405 (DOI: 10.1007/s00214-006-0171-8)

	[09]	T. Ishikawa, Y. Mochizuki, K. Imamura, T. Nakano, H. Mori, H. Tokiwa, K. Tanaka, E. Miyoshi, S. Tanaka, Application of fragment molecular orbital scheme to silicon-containing systems*, Chem. Phys. lett. 430 (2006) 361-366 (DOI: 10.1016/j.cplett.2006.09.015)

	[08]	T. Ishikawa, Y. Mochizuki, T. Nakano, S. Amari, H. Mori, H. Honda, T. Fujita, H. Tokiwa, S. Tanaka, Y. Komeiji, K. Fukuzawa, K. Tanaka, E. Miyoshi, Fragment molecular orbital calculation on large scale systems containing heavy metal atom*, Chem. Phys. lett. 427 (2006) 159-165 (DOI: 10.1016/j.cplett.2006.06.103)

	[07]	Y. Mochzuki, T. Ishikawa, K. Tanaka, H. Tokiwa, T. Nakano, S. Tanaka, Dynamic polarizability calculation with fragment molecular orbital scheme*, Chem. Phys. Lett. 418 (2005) 414-418 (DOI: 10.1016/j.cplett.2005.11.014)

	[06]	T. Ishikawa, K. Tanaka, Electronic structures and the stabilities of metastable states in [Ru(CN)₅NO]^2- : A theoretical study*, Chem. Phys. Lett. 412 (2005) 164-170 (DOI: 10.1016/j.cplett.2005.06.117)

	[05]	T. Ishikawa, K. Tanaka, Response to “Comment on Theoretical study of the photoinduced transfer among the ground state and two metastable state in [Fe(CN)₅NO]^2-.” [J. Chem. Phys. 122. 074314 (2005)]*, J. Chem. Phys. 123 (2005) 047102 (DOI: 10.1063/1.1989318)

	[04]	T. Ishikawa, K. Tanaka, Theoretical study of the photoinduced transfer among the ground state and two metastable states in [Fe(CN)₅NO]^2-*, J. Chem. Phys. 122 (2005) 074314 (DOI: 10.1063/1.1851975)

	[03]	T. Ishikawa, K. Tanaka, Theoretical study of lower electronic excitation spectra of [(Re₆S₈)Cl₆]^3-*, Chem. Phys. Lett. 395 (2004) 166-170 (DOI: 10.1016/j.cplett.2004.07.055)

	[02]	T. Suzuki, M. Kurahashi, Y. Yamauchi, T. Ishikawa, T. Noro, Spin Polarized Metastable He^ (2³S, 1s2s) stimulated Desorption of H⁺ Ions**, Phys. Rev. Lett. 86 (2001) 3654-3657 (DOI: 10.1103/PhysRevLett.86.3654)

	[01]	T. Ishikawa, T. Noro, T. Shoda, Theoretical study on the photoisomerization of azobenzene*, J. Chem. Phys. 115 (2001) 7503-7512 (DOI: 10.1063/1.1406975)


	英文学会論文（査読付き）
	[1]	Y. Komeiji, T. Ishikawa, Y. Mochizuki, H. Yamataka, and T. Nakano, Ab initio FMO-MD method reimplemented and applied to pure water, Computation in Modern Science and Engineering - Proc. ICCMSE2007 (Simos T. E. and Maroulis G. eds, AIP) 1261-1264


	その他の論文･記事など
	[10]	石川岳志, 支部だより～九州支部より～鹿児島大学大学院理工学研究科工学専攻化学生命工学プログラム生命計算化学研究室の紹介, 生物物理 (2024) 64 112

	[9]	染川賢一，上田岳彦，吉留俊史，石川岳志，錦織寿, 珍しい塩基触媒による不斉Diels-Alder合成反応のMOシミュレーション解析*, J. Comput. Chem.Jap., 19 (2021) 175 (DOI: 10.2477/jccj.2021-0011)

	[8]	石川岳志, ソフトウエア紹介「生体分子量子化学計算プログラム「PAICS」の紹介」, アンサンブル, 22 (2020) 345 (DOI: 10.11436/mssj.22.345)

	[7]	T. Ishikawa, A novel method for visualizing the electrostatic complementarity of protein-protein interaction based on fragment molecular orbital method, Authorea. May 06, 2020 (DOI: 10.22541/au.158872397.77591896) （論文[60]のプレプリント）

	[6]	石井清一郎, 関口真裕, 吉田尚恵, 増川恵介, 石川岳志, 坂本泰一, 山岸賢司* 分子動力学計算によるRNAアプタマーとヒト抗体の複合体形成におけるCa2+の役割の解析, J. Comput. Chem. Jpn., 18 (2019) 208-210 (DOI: 10.2477/jccj.2019-0051)

	[5]	石川岳志, ホットトピックス「コンピュータで探る免疫系の分子機構：分子動力学計算による強皮症の遺伝的リスクの研究」, CBI学会誌2019年第7巻第1号 (PDF)

	[4]	石川岳志, フラグメント分子軌道法の新規薬剤開発への応用, YAKUGAKU ZASSI, 136, (2016) 121-130 (J-STAGE)

	[3]	鷹觜順平, 小橋創介, 石川岳志, 坂本健作, 山岸賢司, ハロゲン原子導入によるタンパク質の構造安定化メカニズムの解明, J. Comput. Chem. Jpn., 13（2014）308-309 (DOI: 10.2477/jccj.2014-0056)

	[2]	石川岳志, フラグメント分子軌道法に基づく QM/MM 分子動力学計算： AMBER-PAICS インターフェースの構築, CICSJ Bulletin, 31（2013）71-77 (J-STAGE)

	[1]	石川岳志, 石倉孝和, 桑田一夫, フラグメント分子軌道法プログラム「PAICS」と統合創薬プログラム「NAGARA」, MOLECULAR SCIENCE 5, NP0015 (2011) (PDF)


	書籍
	[5]	タンパク質の構造解析手法とIn silicoスクリーニングへの応用事例技術情報協会 2023, 生体分子シミュレーションによる核酸医薬品開発への展開(第6章第8節), 山岸賢司, 石川岳志

	[4]	Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method; Y. Mochizuki, S. Tanaka, K. Fukuzawa Eds, Springer Nature Singapore Pte Ltd., 2021, FMO interfaced with Molecular Dynamics simulation (Chapter 19 : 373-389), Y. Komeji, T. Ishikawa (DOI: 10.1007/978-981-15-9235-5_19)

	[3]	Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method; Y. Mochizuki, S. Tanaka, K. Fukuzawa Eds, Springer Nature Singapore Pte Ltd., 2021, PAICS: Development of an Open-Source Software of Fragment Molecular Orbital Method for Biomolecule (Chapter 5 : 69-76), T. Ishikawa (DOI: 10.1007/978-981-15-9235-5_5)

	[2]	Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method; Y. Mochizuki, S. Tanaka, K. Fukuzawa Eds, Springer Nature Singapore Pte Ltd., 2021, The ABINIT-MP Program (Chapter 4 : 53-67), Y. Mochizuki, T. Nakano, K. Sakakura, Y. Okiyama, H. Watanabe, K. Kato, Y. Akinaga, S. Sato, J. Yamamoto, K. Yamashita, T. Murase, T. Ishikawa, Y. Komeiji, Y. Kato, N. Watanabe, T. Tsukamoto, H. Mori, K. Okuwaki, S. Tanaka, A. Kato, C. Watanabe, K. Fukuzawa (DOI: 10.1007/978-981-15-9235-5_4)

	[1]	The FRAGMENT MOLECULAR ORBIAL METHOD: Practical Applications to Large Molecular Systems; D. G. Fedorov and K. Kitaura Eds, CRC Press, Boca Raton, FL, 2009, Developments of FMO Methodology and Graphical User Interface in ABINIT-MP (Chapter 3 : 37-62), T. Nakano, Y. Mochizuki, A. Kato, K. Fukuzawa, T. Ishikawa, S. Amaari, I. Kurisaki, S. Tanaka


	招待講演および依頼講演
	[14]	NDSU-KU 7th Annual Symposium (October 6-7, 2022, Fargo, USA) Development and Application of a Computational Method for Analyzing Protein-Protein Interaction

	[13]	The 20th Protein Island Matsuyama International Symposium (2022年9月16日, Matsuyama, Japan） Development and Application of a Quantum Chemistry-Based Method for Analyzing Protein-Protein Interaction

	[12]	日本コンピュータ化学会2020年秋季年会 (2020年11月6-7日, 鹿児島(オンライン開催)) 生命科学を指向した量子化学計算プログラム「PAICS」の開発と応用

	[11]	NDSU KU Joint Symposium on Biotechnology, Nanomaterials and Polymers (October 3-4, 2019, Fargo, USA) Quantum Chemical Calculation of biomolecule with Fragment Molecular Orbital Method: Program Development and Application to Drug Discovery

	[10]	第18回 FMO研究会（2019年3月14日, 東京）FMOプログラム「PAICS」の開発と生命科学分野への応用

	[09]	第387回 CBI学会研究講演会（2017年9月1日, 大阪）「薬物－標的親和性計算の新潮流～古典MDから量子MDへ～」 FMO-QM/MM分子動力学計算と量子化学による創薬研究

	[08]	第135回日本薬学会（2015年3月25-28日: 神戸）シンポジウム「創薬・化学研究における化合物・相互作用情報の活用～ケモインフォマティクスからの試み～」フラグメント分子軌道法の新規薬剤開発への応用

	[07]	第134回日本薬学会（2014年3月27-30日: 熊本）ランチョンセミナー「今こそ高精度計算によるコンピューター支援型創薬を－生体分子全電子計算プログラム「PAICS」の紹介－」

	[06]	Institute for Protein Research Seminar - Impacts of Supersaturation on Protein Science - (June 18-19, 2012: Osaka, Japan) Quantum Chemical Study of Biomolecules Using Fragment Molecular Orbital Method: an Application to Prion Protein

	[05]	Multi-scale Simulation of Condensed-phase Reacting Systems (May 10-12, 2012: Nagoya, Japan) Quantum chemical study for condensed-phase system based on the fragment molecular orbital method: Applications to geometry optimization and molecular dynamics simulation

	[04]	第48回生物物理学会（2010年9月20-22日: 仙台）シンポジウム「Prime Number and Life － New Paradigm for the 21th century －」 Fragment molecular orbital method and number theory

	[03]	第130回日本薬学会（2010年3月28-30日: 岡山）ランチョンセミナー「次世代創薬への挑戦」生体分子量子化学計算プログラム「 PAICS 」の開発と応用

	[02]	International Symposium on Multi-Scale Dynamics of Protein Complex Formations and Function (July 14-16, 2009: Tokyo, Japan) Quantum chemical calculation of biomolecular systems based on fragment molecular orbital method

	[01]	第46回生物物理学会（2008年12月3-5日: 福岡）シンポジウム「レアイベントから創薬へ」量子化学計算に基づく創薬研究へのアプローチ -プログラム開発と生体分子への応用-


	競争的資金
	[31]	令和5年度科学研究費助成事業基盤研究（B）（一般）化学シャペロンに有効なファーマコフォアモデルの構築法の開発と抗プリオン薬への応用、代表、2023年度～2025年度

	[30]	令和6年度 AMED 橋渡し研究プログラム異分野融合型研究シーズ（シーズH）VHHを用いた抗体医薬品開発を効率化する次世代インシリコ創薬技術の確立と実用化、代表、2024年度～2024年度

	[29]	令和4年度科学研究費助成事業基盤研究（C）（一般）熱帯樹木由来高活性イソプレン合成酵素の探索とハイブリッド型発酵用高機能酵素の開発、分担（代表：屋宏典）、2022年度～2024年度

	[28]	令和5年度一般財団法人ふくおかフィナンシャルグループ企業育成財団研究開発助成金抗体医薬品の開発コストを軽減するインシリコ技術の社会実装、代表、2023年度～2024年度

	[27]	（終了）令和5年度 AMED 橋渡し研究プログラム異分野融合型研究シーズ（シーズH）抗体医薬品開発を加速する量子化学計算に基づいた次世代インシリコ創薬技術の開発、代表、2023年度～2023年度

	[26]	（終了）令和3年度科学研究費助成事業基盤研究（C）（一般）分子シミュレーションによる新規RNAアプタマー設計の基盤技術の構築、分担（代表：山岸賢司）、2021年度～2023年度

	[25]	（終了）令和4年度鹿児島大学異分野融合研究プロジェクト創出研究助成事業【スタートアップ型】デジタル創薬を活用した非ペプチド性COVID-19治療薬の開発研究、分担（代表:松本健司）、2022年度～2022年度

	[24]	（終了）2022年度 JST大学発新産業創出プログラム（START）大学・エコシステム推進型「PARKS起業活動支援プログラム」バイオ医薬品開発の効率化を実現する生体分子量子化学計算プログラム「PAICS」、代表、2022年度～2022年度

	[23]	（終了）令和2年度科学研究費助成事業挑戦的研究（開拓）健診コホートのプロテオミクスと人工知能を基盤とする関節リウマチ個別化予防の構築、分担（代表：大山要）、2020年度～2022年度

	[22]	（終了）令和2年度科学研究費助成事業基盤研究（B）（一般）抗プリオン効果を生み出すファーマコフォアモデルの構築と新規治療薬の開発、代表、2020年度～2022年度

	[21]	（終了）令和3年度鹿児島大学異分野融合研究プロジェクト創出研究助成事業（継続）デジタル創薬によるプロテインノックダウン法を用いた新型コロナウイルス感染症の治療薬探索、代表、2021年度～2021年度

	[20]	（終了）A-STEP令和2年度追加公募（トライアウトタイプ）計算化学を基盤としたアプタマーの革新的デザイン技術の開発、分担（代表：山岸賢司）、2021年度～2021年度

	[19]	（終了）2020年度北海道大学人獣共通感染症リサーチセンター一般共同研究計算化学による薬剤耐性変異予測法の開発と抗インフルエンザ薬への応用、代表、2020年度～2020年度

	[18]	（終了）令和2年度鹿児島大学異分野融合研究プロジェクト創出研究助成事業デジタル創薬の基盤技術の構築と新型コロナウイルス治療薬リード化合物の探索、代表、2020年度～2020年度

	[17]	（終了）2018年度武田科学振興財団特定研究助成伝達性神経変性疾患の病態分子機構の解明と予防・治療法の開発、分担（代表：新竜一郎）、2018年度～2020年度

	[16]	（終了）平成30年度科学研究費助成事業基盤研究（C）（一般）RNAアプタマーの分子認識メカニズムの解明、分担（代表：山岸賢司）、2018年度～2020年度

	[15]	（終了）平成29年度日本医療研究開発機構感染症研究革新イニシアティブ（J-PRIDE）赤痢アメーバ“含硫脂質代謝”を標的とする阻害剤探索―全容解明と治療薬開発にむけて―、分担（代表：見市文香）、2017年度～2019年度

	[14]	（終了）平成29年度日本医療研究開発機構感染症研究革新イニシアティブ（J-PRIDE）薬剤耐性RNAウイルス出現予測法の確立と迅速制御のためのインシリコ創薬、分担（代表：西田教行）、2017年度～2019年度

	[13]	（終了）平成28年度科学研究費助成事業基盤研究（B）（海外）東アジア調査に基づくベーチェット病、強皮症の特異的HLAが病態に関わる機序の研究、分担（代表：竹内二士夫）、2016年度～2019年度

	[12]	（終了）平成29年度日本医療研究開発機構創薬ブースター新規抗インフルエンザ剤の探索、分担（代表：水田賢志）、2017年度～2019年度

	[11]	（終了）平成29年度科学研究費助成事業基盤研究（B）（特設） Wet-Dry融合アプローチを用いた産業応用酵素の遷移状態制御による新機能創製、分担（代表：常盤広明）、2017年度～2019年度

	[10]	（終了）平成29年度日本科学技術振興機構地域産学バリュープログラム計算化学手法による革新的な抗体精製用RNAアプタマーの開発、分担（代表：山岸賢司）、2017年12月～2018年11月

	[09]	（終了）平成28年度科学研究費助成事業基盤研究（B）（一般）アクチニド分子種と生体分子の相互作用に関する計算化学的研究、分担（代表：望月祐志）、2016年度～2018年度

	[08]	（終了）平成28年度科学研究費助成事業基盤研究（C）（一般） HLA-ペプチド親和性の網羅的計算法の開発とベーチェット病の病因解明への応用、代表、2016年度～2018年度

	[07]	（終了）平成27年度日本科学技術振興機構マッチングプラナープログラム「探索試験」計算化学手法を用いた新規RNA アプタマーの設計手法の開発、分担（代表：山岸賢司）、2015年10月～2016年9月

	[06]	（終了）平成27年度琉球大学熱帯生物圏研究センター共同利用研究会計算科学と感染症研究、代表、2015年度～2015年度

	[05]	（終了）平成27年度第4回公益社団法人新化学技術推進協会新化学技術研究奨励賞凝集系化学反応の遷移状態計算のための新規手法と汎用ソフトウエアの開発、代表、2015年5月～2016年4月

	[04]	（終了）平成26年度公益財団法人科学技術融合振興機構調査研究助成新薬創成のためのためモバイル端末を利用したシリアスゲームに関する調査研究、代表、2015年2月～2016年1月

	[03]	（終了）平成26年度琉球大学熱帯生物圏研究センター・共同利用研究熱帯樹木のイソプレン生合成酵素と基質間の相互作用エネルギーの解析、代表、2014年度～2014年度

	[02]	（終了）平成21年度岐阜大学大学活性化経費（大型科研チャレンジ枠）第一原理計算によるタンパク場を考慮した部分構造最適化システムの構築、代表、2009年4月1日～2010年3月31日

	[01]	（終了）平成20年度科学研究費補助金若手研究（スタートアップ） FMO法による体内揺らぎを考慮した相互作用解析法の構築とプリオンタンパクへの応用、代表、2008年度～2009年度


	特許関連
	[10]	分子間相互作用解析装置、分子間相互作用解析方法及びプログラム, 石川岳志, PCT/JP2024/005667（2024年2月19日）

	[09]	分子間相互作用解析装置、分子間相互作用解析方法, 石川岳志, PCT/JP2023/030775（2023年8月25日）

	[08]	分子間相互作用解析装置、分子間相互作用解析法及びプログラム, 石川岳志, 特願2023-25282（2023年2月21日）

	[07]	分子間相互作用解析装置、分子間相互作用解析法及びプログラム, 石川岳志, 大園紘貴, 特願2022-139395（2022年9月15日）

	[06]	抗ウイルス薬, 水田賢志, 大滝大樹, 田中義正, 畑山範, 石川岳志, 池田正徳, 武田綠, 特願2019-069458（2019年3月29日）

	[05]	プリオン病治療薬, 石橋大輔, 西田教行, 水田賢志, 石川岳志, 特願2018-177224（2018年9月21日）

	[04]	キノリノン化合物および抗RNAウイルス薬, 水田賢志, 渡辺健, 西田教行, 濱田剛, 石川岳志, 田中義正, 大滝大樹, 安田二郎, 浦田秀造, PCT/JP2018/013592（2018年3月30日）

	[03]	キノリノン化合物および抗RNAウイルス治療薬, 水田賢志, 渡辺健, 西田教行, 濱田剛, 石川岳志, 田中義正, 大滝大樹, 特願2017-72230（2017年3月31日）

	[02]	核酸アプタマー, 固相担体, ヒトIgG精製用カラム, 及びヒトIgGの精製方法, 山岸賢司, 関口真裕, 吉田尚恵, 坂本泰一, 野村祐介, 石川岳志, 特願2017-23175（2017年2月10日）, 特開2018-126117（平成30年8月16日）

	[01]	プリオン病予防・治療剤, 石橋大輔, 西田教行, 中垣岳大, 濱田剛, 石川岳志, 特願2016-170349（2016年8月31日）, 特開2018-35099（2018年3月8日）


プログラム開発
[1]	PAICS	生体分子量子化学計算プログラム

[2]	PaicsView	生体分子計算支援プログラム for PAICS

[3]	ABINIT-MP	フラグメント分子軌道（FMO）計算ソフトウエア

教育


	2022年度～	鹿児島大学工学部先進工学科化学生命工学PG 物理化学基礎（分担）

	2021年度～	鹿児島大学工学部先進工学科化学生命工学PG 量子化学

	2021年度～	鹿児島大学大学院理工学研究科工学専攻化学生命工学PG 修士論文特別研究Ⅱ

	2020年度～	鹿児島大学大学院理工学研究科工学専攻 Advanced Lecture on Chemistry and Biotechnology（分担）

	2020年度～	鹿児島大学大学院理工学研究科工学専攻理論分子科学特論

	2020年度～	鹿児島大学大学院理工学研究科工学専攻化学生命工学PG 修士論文特別研究Ⅰ

	2020年度～	鹿児島大学工学部先進工学科化学生命工学PG フレッシュマンセミナー（分担）

	2020年度～	鹿児島大学工学部共通微分積分学Ⅰ

	2020年度～	鹿児島大学工学部先進工学科共通生命工学（分担）

	2019年度～	鹿児島大学工学部化学生命工学科化学生命工学セミナーⅠ（分担）

	2019年度～	鹿児島大学工学部化学生命工学科化学生命工学研究基礎

	2019年度～	鹿児島大学工学部化学生命工学科化学生命工学特別研究Ⅰ

	2019年度～	鹿児島大学工学部化学生命工学科化学生命工学特別研究Ⅱ

	2019年度～	鹿児島大学工学部化学生命工学科卒業論文

	2018年度～	鹿児島大学工学部化学生命工学科化学生命工学セミナーⅡ

	2018年度～2021年度	長崎大学大学院医歯薬学総合研究科アカデミア創薬学特論Ⅱ（分担）

	2020年度～2020年度	鹿児島大学工学部共通線形代数学Ⅰ

	2019年度～2020年度	鹿児島大学工学部化学生命工学科量子物理化学

	2019年度～2019年度	鹿児島大学大学院理工学研究科化学生命・化学工学専攻 Advanced Lecture on Applied Chemistry（分担）

	2019年度～2019年度	鹿児島大学大学院理工学研究科化学生命・化学工学専攻理論分子科学特論

	2019年度～2019年度	鹿児島大学工学部化学生命工学科フレッシュマンセミナー（分担）

	2019年度～2019年度	鹿児島大学工学部化学生命工学科微分積分学AⅠ

	2019年度～2019年度	鹿児島大学工学部化学生命工学科線形代数学Ⅰ

	2017年度～2018年度	長崎大学大学院医歯薬学総合研究科生物医科学特論及び実習C

	2013年度～2016年度	長崎大学大学院医歯薬学総合研究科生物医科学特論及び実習C-1

	2013年度～2016年度	長崎大学大学院医歯薬学総合研究科生物医科学特論及び実習C-2

	2013年度～2016年度	長崎大学医学部感染系授業（分担）

	2008年度～2011年度	岐阜大学全学共通授業「生命を担う分子群のかたち」（分担）

	2006年度～2007年度	立教大学理学部化学科化学情報処理

石川 岳志

学歴

職歴

所属学会

学会活動

業績

英文論文（査読付き）

英文学会論文（査読付き）

その他の論文･記事など

書籍

招待講演および依頼講演

競争的資金

特許関連

プログラム開発

教育

石川岳志