分子や原子もしくは電子が従う物理方程式を解くことで、様々な化学的現象を理解・予測する研究分野を「計算化学」と呼びます。
多くの場合、これらの物理方程式は非常に複雑なので、コンピューターを利用して研究を進めることになります。
我々の「生命 計算化学 研究室」では、生命科学に関する諸問題を計算化学に基づいて研究・解決することで、社会への貢献を果たしていきたいと考えています。
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我々の研究室では、独自の量子化学計算プログラム「PAICS」の開発を進めています
(http://www.paics.net/)。
PAICという名前は「Parallelized Ab Initio Calculatoin System Based on FMO」の頭文字から作られています。
このプログラムでは、生体分子のような巨大な分子の量子化学計算を可能にするために、「フラグメント分子軌道(FMO)法」を採用しています。
FMO法では、計算対象の分子を小さなフラグメントに分割し、フラグメントの単体(モノマー)およびペア(ダイマー)の計算のみから全体の物理量を算出します[1]。
これにより、通常の量子化学計算法に比べて計算量を大きく減らすことができます。また、これらモノマーおよびダイマーの計算は完全に独立しているため、高い並列効率が実現されます。
実際に我々のPAICSでも、Message Passing Interface(MPI)によるメモリ分散型の並列化が施されており、数百〜数千CPUを用いた並列計算が可能になります。
図1に並列効率に関するベンチマークの結果を示します。使用するCPUの数が8倍(16→128)になると計算速度が7.18倍となっており、高い並列効率が達成されていることがわかります。
また、入力ファイルの作成や計算結果を解析するためのユーザーインターフェースである「PaicsView」も開発されています(図2)。
PAICSには現在、制限Hartree-Fock(RHF)法、二次のMoller-Plesset摂動(MP2)法、MP2法にResolution of the identity(RI)近似を適用したRI-MP2法[2,3]、局在化軌道を利用したLMP2法[4]、さらに三次のMoller-Plesset摂動(MP3)法およびMP2にRI近似を適用したRI-MP3法[5]が実装されています。 これらの計算理論を用いて、エネルギー・エネルギー勾配に加えて、電子密度・静電ポテンシャル・電場といった静電的物理量[6]を、二体近似のFMO法に基づいて計算可能となっています(表1)。 図3に示したのは、RI近似を用いた場合と用いない場合のMP2エネルギー勾配の計算時間の比較です。 RI近似を導入することで計算時間を大幅に短縮できることができます。 計算時間を短縮する理論やアルゴリズムの開発は、計算化学における重要な研究テーマの一つです。 また、PAICSに実装されているこれらの計算理論を利用して、独自の解析方法の開発も進めています。 例えば、FMO法とLMP2法を組み合わせた分子間相互作用解析法であるFragment Interaction Analysis Based on Local MP2(FILM)[4][7]は、生体分子内のCH-π相互作用やπ-π相互作用といった分散力に起因する相互作用を詳細に解析することができる方法です。 また、FMO法に基づいて計算される部分電子密度と部分静電ポテンシャルを利用したVisualization of the interfacial electrostatic complementarity(VIINEC)[8][9]も、我々の研究室で独自に開発しているタンパク質間の相互作用を解析するための方法です。 |
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参考文献:
[1] T. Ishikawa, Chem. Phys. Lett., 761 (2020) 138103. [2] H. Ozono and T. Ishikawa, J. Chem. Theory Comput. 17 (2021) 5600 [3] T. Ishikawa, et al, J. Phys. Chem. Lett., 12 (2021) 11267 |
参考文献:
[1] K. Kuwata, et al, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 104 (2007) 11921 [2] K. Yamaguchi, et al, Nat. Biomed. Eng., 3 (2019) 206 [3] T. Ishikawa, et al, J. Comput. Chem., 30 (2009) 2594 [4] D. Ishibashi, et al, EBioMedicine, 9 (2016) 238 関連グラント: [A] 2020年度 科学研究費助成事業 基盤研究(B)(一般)抗プリfオン効果を生み出すファーマコフォアモデルの構築と新規治療薬の開発(代表:石川岳志)2020年度〜2022年度 [B] 2018年度 武田科学振興財団 特定研究助成 伝達性神経変性疾患の病態分子機構の解明と予防・治療法の開発(代表:新竜一郎)2018年度〜2020年度 |
上で述べたように、感染症の創薬は非常に重要な研究テーマですが、せっかく新しい化合物を開発しても、多くの場合は耐性を獲得した病原微生物が出現してしまいます。 特にインフルエンザなどのRNAウイルスは、変異のスピードが速く、既存薬はすぐに使えなくなってしまう恐れがあります。 そこで我々は、コンピュータを使って特定の薬に対する耐性変異を予測する研究も進めています[B]。 |
参考文献:
[1] K. Watanabe, et al, Sci. Rep., 7 (2017) 9500 [2] PCT/JP2018/013592(2018年3月30日)キノリノン化合物および抗RNAウイルス薬 [3] 特願2017-72230 (2017年3月31日)キノリノン化合物および抗RNAウイルス治療薬 [4] J. N. Makau, et al, PLoS ONE, 12 (2017) e0173582 [5] J. N. Makau, et al, Viruses, 12 (2020) 337 [6] T. Ishikawa, et al, J. Phys. Chem. B, 122 (2018) 7970 [7] F. Mi-ichi, et al, PLOS Neglected Tropical Diseases, 13 (2019) e0007633 関連グラント: [A] 平成29年度 日本医療研究開発機構 感染症研究革新イニシアティブ(J-PRIDE) 赤痢アメーバ“含硫脂質代謝”を標的とする阻害剤探索―全容解明と治療薬開発にむけて―(代表:見市文香)2017年度〜2019年度 [B] 平成29年度 日本医療研究開発機構 感染症研究革新イニシアティブ(J-PRIDE) 薬剤耐性RNAウイルス出現予測法の確立と迅速制御のためのインシリコ創薬(代表:西田教行)2017年度〜2019年度 |
結合の生成・消滅を含む化学反応シミュレーションでは、経験的なポテンシャル関数を用いる古典計算ではなく、電子の運動方程式を直接解く量子化学計算が必要になります。 しかし、溶媒中などの凝集系でこのような計算を実行するためには、膨大な計算時間を要するため、一般的には実行が困難です。 そこで我々は、フラグメント分子軌道法を利用して計算時間を大幅に減少するシミュレーション法を開発しました[1]。 また、最初の応用研究として、水溶液中のメチルジアゾニウムイオンの加水分解反応のシミュレーションを実行しました。 この際、150個以上の水分子と反応分子を全て量子化学的に取り扱い、コンピューターの中で化学反応を再現することに成功しました(右の動画を参照)。 |
参考文献:
[1] M. Sato, et al, J. Am. Chem. Soc. Comm. 130 (2008) 2396 |
© 2018 鹿児島大学 大学院理工学研究科 化学生命・化学工学専攻 生命計算化学研究室